<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;">Dear
Tsjerk</span></p>

<pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">I did what you said:</pre><pre style="margin-left: 0.5in; text-indent: -0.25in; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="">1.<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">       </span></span><span dir="LTR"></span>trjconv -f a.xtc -s a.tpr -o 1.xtc -pbc nojump<span style="">  </span>(system for output)</pre>
<pre style="margin-left: 0.5in; text-indent: -0.25in; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="">2.<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">       </span></span><span dir="LTR"></span>trjconv -f a.xtc -s a.tpr -o 2.xtc -pbc mol –center <span style=""> </span>(pr/dna for centering, system for output)</pre>
<pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Now, I need new trajectory file for analysis. How I obtain new trajectory file from these two trajectories (1.xtc and 2.xtc)<br>during simulation time?<br><br>thanks for your help.<br>
</pre>