<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 10pt;">Hi Carsten</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 10pt;"> </span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 10pt;">Thanks for your answer. You got
my case very well.</span></p>

<p class="MsoNormal" style="margin-bottom: 0.0001pt; line-height: normal; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 10pt;"> </span></p>

<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;">I
understand your mean as follows:</span></p>

<p class="MsoListParagraphCxSpFirst" style="text-indent: -0.25in; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;"><span style="">1)<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">      </span></span></span><span dir="LTR"></span><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;">Trjconv –f a.xtc
–s a.tpr –o b.xtc –pbc mol<span style="">  </span>(output
group=water)</span></p>

<p class="MsoListParagraphCxSpLast" style="text-indent: -0.25in; font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;"><span style="">2)<span style="font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; font-size: 7pt; line-height: normal; font-size-adjust: none; font-stretch: normal;">      </span></span></span><span dir="LTR"></span><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;">Trjconv –f a.xtc
–s a.tpr –o c.xtc –pbc nojump (output group =protein-dna)</span></p>

<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;">Is
that true?</span></p><p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;"><br></span></p>

<p style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;" class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;">You
said, (</span><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;">Then
overlay both results in the visualization program</span><span style="font-size: 10pt; line-height: 115%;">). How? </span></p>