<br><br>----- Original Message -----<br>From: Sai Pooja &lt;saipooja@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, October 27, 2010 8:52<br>Subject: Re: [gmx-users] Forcefield parameters<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On Tue, Oct 26, 2010 at 4:04 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=jalemkul@vt.edu')">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Sai Pooja wrote:  <div class="im"><br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On Tue, Oct 26, 2010 at 3:46 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=jalemkul@vt.edu')" target="1">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="javascript:main.compose('new', 't=jalemkul@vt.edu')" target="1">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp;Sai Pooja wrote:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hi,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I want to change the non-bonded parameters to modify the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;interaction between water molecules and protein molecules.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am using CHARMM forcefield with Tip3p water.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; The ffnonbonded.itp file of the forcefield has non-bonded<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;parameters for tip3p water. Can I achieve the above by changing<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;these parameters?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp;That depends on your definition of "modify," but yes, in a way, you<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp; &nbsp;can make changes here. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; 1) Modify - Multiply sigma and epsilon by a constant<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;If yes, will this also change the non-bonded parameters for<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;water - water interaction?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>2) Is there a way to add a new ifdef perhaps such that a modified sigma and epsilon can be used for water-protein interactions and the unmodified parameters can be used for water-water interactions?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  &nbsp;<br></blockquote><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Nonbonded interactions are calculated during the simulation by applying the combination rules defined by the force field. &nbsp;There is no simple way to do this with an ifdef, since that is just in the topology. &nbsp;You can't conditionally apply nonbonded parameters. &nbsp;That just sounds like a recipe for breaking a force field.<br></blockquote></div><br>Not quite right. Parameters for VDW are calculated from the combination rules from the atom-specific values given in [atomtypes] only as a last resort. [nonbond_params] are used in preference to such.<br><br>So modified protein-water VDW interactions can be introduced by defining all relevant "protein atom"-"TIP3P oxygen" [nonbond_params] terms. It may be simpler to modify the [atomtypes] to generate the "modified" VDW from the combination rule, and introduce the "normal" TIP3P oxygen-oxygen interaction via [nonbond_params].<br><br>Mark