<br><br>----- Original Message -----<br>From: Nilesh Dhumal &lt;ndhumal@andrew.cmu.edu&gt;<br>Date: Wednesday, October 27, 2010 1:04<br>Subject: Re: [gmx-users] (no subject)<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; I used the same .tpr file. I added&nbsp; -dlb yes and&nbsp; -<br>&gt; reprod yes during mdrun<br>&gt; with rerun option. Still I am not geting why energy, temp, <br>&gt; pressure are<br>&gt; changing since I have same topology file and .trr file.<br><br>As I said last time, a parallel rerun cannot reproduce a run unless they're both run under the same conditions. Changing the options for the rerun cannot achieve this, because the original run probably had dynamic load balancing.<br><br>Mark<br><br>&gt; Is there any bug in rerun option?<br>&gt; Nilesh<br>&gt; <br>&gt; On Mon, October 25, 2010 8:50 pm, Mark Abraham wrote:<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ----- Original Message -----<br>&gt; &gt; From: Nilesh Dhumal &lt;ndhumal@andrew.cmu.edu&gt;<br>&gt; &gt; Date: Tuesday, October 26, 2010 10:50<br>&gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] (no subject)<br>&gt; &gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; I run a test simulation for -rerun. I didn't change the <br>&gt; topology file.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; grompp -f md.mdp&nbsp; -c&nbsp; solvent-bmi-pf6-128.pdb&nbsp; <br>&gt; - p<br>&gt; &gt;&gt; solvent-bmi-pf6-128.top -o 3.tpr<br>&gt; &gt;&gt; mpirun -machinefile cp -np 8 mdrun -s 3.tpr -o 3.trr -c<br>&gt; &gt;&gt; solvent-bmi-pf6-128.pdb -e 3.edr -g 3.log<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; with -rerun grompp -f md.mdp&nbsp; -c&nbsp; solvent-bmi-pf6-<br>&gt; 128.pdb&nbsp; - p<br>&gt; &gt;&gt; solvent-bmi-pf6-128.top -o 6.tpr<br>&gt; &gt;&gt; mpirun -machinefile cp -np 8 mdrun -s 6.tpr -o 6.trr -rerun <br>&gt; 3.trr&nbsp; -c<br>&gt; &gt;&gt; solvent-bmi-pf6-128.pdb -e 6.edr -g 6.log<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; I calculate the total energy by<br>&gt; &gt;&gt; g_energy -f 3.edr -o 3.xvg g_energy -f 6.edr -o 6.xvg<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; The total energy varies between +- 30.00 KJ/mol.<br>&gt; &gt;&gt; It should be constant since I using same topology file and <br>&gt; trajectory.&gt;&gt; Why the total energy is not constant.<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Those .tpr should be identical - but you can check that with <br>&gt; gmxcheck.&gt; Reruns do neighbour-searching every step, whereas <br>&gt; your normal simulation<br>&gt; &gt; followed the nstlist setting. That's part of why my earlier advice<br>&gt; &gt; suggested doing reruns for each simulation you wish to <br>&gt; compare. You<br>&gt; &gt; should be able to get good/better agreement for steps where nstlist<br>&gt; &gt; directed neighbour-searching in the original run. Also, <br>&gt; whether or not<br>&gt; &gt; constraints have been applied (and when!) could influence the <br>&gt; energies to<br>&gt; &gt; about this degree. I don't recall the details here.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Even once you've removed all algorithm-specific sources of <br>&gt; difference,&gt; there are other sources of non-reproducibility, <br>&gt; such as the assignment of<br>&gt; &gt; particles to DD cells. Your original mdrun probably used dynamic<br>&gt; &gt; load-balancing, and that cannot be reproduced in the DD used <br>&gt; by the<br>&gt; &gt; rerun. (Or indeed by a repeat of your original mdrun!) Setting <br>&gt; -dlb no in<br>&gt; &gt; the original simulation might be enough to get agreement here, <br>&gt; or maybe<br>&gt; &gt; mdrun -reprod will be required.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Mark<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt;&gt; NIlesh<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; On Thu, October 21, 2010 10:24 am, Mark Abraham wrote:<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt; On 22/10/2010 1:17 AM, Nilesh Dhumal wrote:<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I am doing solvation dynamics for my system.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I have system with diatomic (PA---NE)solute surrounded by water<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; molecules.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I want to run simulation with two differcent cases.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; 1. PA charge=0 and NE charge=0 : No charge on solute<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; 2. PA charge=+1 and NE charge=-1 : Charge on solute<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I want to calculate the energy at each step keeping the solvent<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; configration same.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; IF I start a simulation with no charge on solute (case1), I<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; have the<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; energy for 1 step. I want to calculate the energy with charge<br>&gt; &gt;&gt; on solute<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; (case 2) with same configration water molecules.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; Each step&nbsp; I want to calculate the energy with and<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; without charge on<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; solute since the configration of solvent will be same for<br>&gt; &gt;&gt; that step.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; I was thinking two make two topologies file with charge and<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; with out<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; charge on solute. I don't know how to use them simultaneously<br>&gt; &gt;&gt; during the<br>&gt; &gt;&gt;&gt;&gt; simulation.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Well, you don't use them simultaneously. You run a <br>&gt; simulation on<br>&gt; &gt;&gt;&gt; whatever you think will generate a relevant conformational<br>&gt; &gt;&gt; ensemble. Then<br>&gt; &gt;&gt;&gt; you want to use mdrun -rerun twice on the resulting<br>&gt; &gt;&gt; trajectory, using .tpr<br>&gt; &gt;&gt;&gt; files based on .top files corresponding to the two cases in<br>&gt; &gt;&gt; order to<br>&gt; &gt;&gt;&gt; create your comparison.<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Mark<br>&gt; &gt;&gt;&gt; --<br>&gt; &gt;&gt;&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt;&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt;&gt; Please search the archive at<br>&gt; &gt;&gt;&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before <br>&gt; posting!&gt;&gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the <br>&gt; list. Use the<br>&gt; &gt;&gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt;&gt; Can't post? Read<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt;&gt; --<br>&gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt;&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt;&gt; Please search the archive at<br>&gt; &gt;&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; &gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt;&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. <br>&gt; Can't post?<br>&gt; &gt;&gt; Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. <br>&gt; Can't post? Read<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists