I think manual 5.3.3 covers the relevant points. Let me know what is not clear.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: Sai Pooja &lt;saipooja@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, October 27, 2010 9:41<br>Subject: Re: [gmx-users] Forcefield parameters<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On Tue, Oct 26, 2010 at 6:04 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=mark.abraham@anu.edu.au')">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"> <div class="im"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>----- Original Message -----<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>From: Sai Pooja &lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=saipooja@gmail.com')" target="1">saipooja@gmail.com</a>&gt;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Date: Wednesday, October 27, 2010 8:52<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Subject: Re: [gmx-users] Forcefield parameters<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')" target="1">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <div class="gmail_quote"><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>On Tue, Oct 26, 2010 at 4:04 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a>jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>   <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>Sai Pooja wrote:  <div><br> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>On Tue, Oct 26, 2010 at 3:46 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a>jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a>jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp;Sai Pooja wrote:<br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hi,<br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I want to change the non-bonded parameters to modify the<br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;interaction between water molecules and protein molecules.<br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I am using CHARMM forcefield with Tip3p water.<br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; The ffnonbonded.itp file of the forcefield has non-bonded<br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;parameters for tip3p water. Can I achieve the above by changing<br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;these parameters?<br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp;That depends on your definition of "modify," but yes, in a way, you<br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp;can make changes here. <br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; 1) Modify - Multiply sigma and epsilon by a constant<br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;If yes, will this also change the non-bonded parameters for<br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;water - water interaction?<br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>2) Is there a way to add a new ifdef perhaps such that a modified sigma and epsilon can be used for water-protein interactions and the unmodified parameters can be used for water-water interactions?<br>  <font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>&nbsp;<br></blockquote><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br>  </div><font style="font-weight: normal; font-size: 14px; font-style: normal; background-color: rgb(245, 248, 240);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>Nonbonded interactions are calculated during the simulation by applying the combination rules defined by the force field. &nbsp;There is no simple way to do this with an ifdef, since that is just in the topology. &nbsp;You can't conditionally apply nonbonded parameters. &nbsp;That just sounds like a recipe for breaking a force field.<br>  </blockquote></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Not quite right. Parameters for VDW are calculated from the combination rules from the atom-specific values given in [atomtypes] only as a last resort. [nonbond_params] are used in preference to such.<br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>So modified protein-water VDW interactions can be introduced by defining all relevant "protein atom"-"TIP3P oxygen" [nonbond_params] terms. It may be simpler to modify the [atomtypes] to generate the "modified" VDW from the combination rule, and introduce the "normal" TIP3P oxygen-oxygen interaction via [nonbond_params].<br>  </blockquote> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Mark, could you please elaborate the method?</div> <blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;"><font color="#888888"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Mark </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>--<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users@gromacs.org')">gmx-users@gromacs.org</a><br>  <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="1">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>www interface or send it to <a href="javascript:main.compose('new', 't=gmx-users-request@gromacs.org')">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="1">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>  </blockquote></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br clear="all"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-- <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists