<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV>Dear All,</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I am trying to use Charmm36 force field in Gromacs. I downloaded the ffcharm36 force field files created by&nbsp;Tom Piggot and&nbsp;Pär Bjelkmar from the user contribution in Gromacs website. Then I used the&nbsp;pdb2gmx to&nbsp;get the popc_c36.top using the following command:</DIV>
<DIV>pdb2gmx -f popc.pdb -o popc.gro -p popc_c36.top</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>When I checked the popc topology file, I found that there are some dihedral terms missing in the topology file. For example, in the popc_c36.top file, atoms 3, 4, 5 are all methyl carbons, there should be three dihedral terms 3 1 2 17; 4 1 2 17 and 5 1 2 17.<BR>Unfortunately, there are only 3 1 2 17, the last two are missing, part of the popc_c36.top are shown&nbsp;below:</DIV>
<DIV>[ atoms ]<BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp; typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<BR>; residue&nbsp;&nbsp; 1 POPC rtp POPC q&nbsp; 0.0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NTL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.007&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.6<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; C12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.7<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 CTL5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTL5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; C14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.4<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTL5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; C15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.75<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H12A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H12B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1.25<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H13A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H13B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.75<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H13C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H14A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot -0.25<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H14B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H14C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.25<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H15A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H15B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.75<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H15C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CTL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; C11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.08&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.92<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H11A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.01<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HAL2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; POPC&nbsp;&nbsp; H11B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.1<BR>.......</DIV>
<DIV>[ dihedrals ]<BR>;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <BR>........</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>I also checked the dpc.itp in gromos force field from Tielman's website, which has been widely used by many people. There are also some missing dihedral terms in the dpc.itp file.&nbsp; </DIV>
<DIV>I am wondering if&nbsp;those missing dihedrals are neglected intentionally for gromos force field? When I use other force fields such as charmm/amber, do I need to add the missing dihedrals? If so, is there any way to do it instead of manually adding those missing dihedral terms?<BR><BR>Could anybody give some suggestions? Thanks very much!</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Cheers,</DIV>
<DIV>Jianguo</DIV><BR><BR></td></tr></table><br>