<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I want to modify the contribution to Interaction energy of different groups - say I have groups A and B and I want the energy to be scaled as E_AA + 0.1E_AB + 0.5*E_BB. Interaction parameters of each of these groups are set by a forcefield</div>


<div> </div>
<div>Now after multiple correspondence on the gromacs list I have concluded that there are 3 ways of doing this:</div>
<div> </div>
<div>1. Using tables - for this I would have to list non-bonded parameters for all atoms such that the combination rule and the table-potential is used. For the table for BB interaction, scale the Coloumb and VdW interactions in the tables by a factor of 0.5 and so on...</div>


<div>However, since tables would have to be supplied for pairs too (tablep), it may not be accurate to supply 6-12 tables with coulomb potential for these pairs. I am using CHARMM and the 1998 paper on CHARMM says that in some specific cases the 1-4 interactions many be scaled which makes me doubt this approach.</div>


<div> </div>
<div>2. Forcefield parameters - By defining scaled [nonbonded_params] for all relevant atoms. This will change the VdW interactions, but not sure about the Coulomb interactions.</div>
<div> </div>
<div>3. Modifying gromacs - by passing a parameter lambda to gromacs which scales the force/potential by a factor lambda when gromacs calculates force/potential.</div>
<div>For implementing option 3, which programs in the gromacs package would be the bes tstarting points for editing the energy contributions of different groups/atoms?</div>
<div> </div>
<div>As a more general question, how does one run a generalized Hamiltonian REM on gromacs?</div>
<div> </div>
<div>Pooja</div>
<div> </div>
<div><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br></div>