I am using the semiisotropic pressure scaling because i want the box size to remain the same as that of the original box size in X and Y axis and want to change it only on the Z axis. I am doing this because at a latter stage i want to create an interface with organic solvent where i need the cross sections (X and Y axis length) of both the box should be the same.<br>
<br>what i should do now  get the pressure of 1 bar? <br><br>Has no one has got the pressure of water to be close to 1 bar in GROMACS till now?<br><br>Regards<br>Vinoth<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 29, 2010 at 12:54 PM, David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">On 2010-10-29 09.08, vinothkumar mohanakrishnan wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
Hi Mark<br>
<br>
I read the link before posting the question. even though the fluctation<br>
is between 500-600 (as said in the link) bar the average pressure is<br>
around 7.4 bar. my concern is the average pressure?. Because at a latter<br>
stage i am going to combine this water box with another organic solvent<br>
and i want to avoid any complications there.<br>
</blockquote>
<br></div>
Think again of what you just wrote. Your value is 7 +/- 500. In fact according to normal statistical rules you should round the value of 7 to 0. If you want more accurate number you could increase the box size by a factor of 100.<br>

<br>
By the way, why are you using semiisotropic pressure scaling in a water box?<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">
<br>
Regards<br>
Vinoth<br>
<br>
On Fri, Oct 29, 2010 at 12:22 PM, Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a><br></div><div><div></div><div class="h5">
&lt;mailto:<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt; wrote:<br>
<br>
    On 29/10/2010 5:48 PM, vinothkumar mohanakrishnan wrote:<br>
<br>
        Hi Gromacians<br>
<br>
        I want to do equilibration of water (spc model) first in the NVT<br>
        ensemble and then in the NPT ensemble to maintain a temperature<br>
        of 300K and a pressure of 1 bar respectively. The NVT<br>
        equilibration works fine and the average temperature turns out<br>
        to be 299.229 K.<br>
<br>
        Energy                      Average       RMSD        Fluct.<br>
              Drift            Tot-Drift<br>
        ------------------------------<br>
        -------------------------------------------------<br>
        Temperature                 299.229    10.3092    10.2463<br>
          0.0393873    3.93877<br>
        Heat Capacity Cv:       12.494 J/mol K (factor = 0.00118698)<br>
<br>
          when i do NPT equilibration i am not getting the desired<br>
        pressure as 1 bar or atleast close to 1 bar (between 1-1.4 bar).<br>
        In the mdp file i used semiisotropic pressure coupling type<br>
        because i want to fix the length of the box same on two axis as<br>
        that of the original box size and want to change it only on one<br>
        axis. can any one tell me why iam not getting the desired<br>
        pressure of 1 bar?.<br>
<br>
<br>
    This looks normal for a smallish water system over 100ps. See<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Pressure</a><br>
<br>
    Mark<br>
<br>
<br>
<br>
        Energy                      Average       RMSD     Fluct.<br>
          Drift  Tot-Drift<br>
        -------------------------------------------------------------------------------<br>
        Pressure (bar)               7.4339    574.052    573.574<br>
        0.812129    81.2138<br>
<br>
        Given below is my mdp file (NPT equilibration). any help is<br>
        highly appreciated.<br>
<br>
        title           = DCE NVT equilibration<br>
        cpp           = usr/bin/cpp<br>
        integrator   = md<br>
        nsteps       = 100000<br>
        dt              = 0.001<br>
        nstxout       = 100<br>
        nstvout       = 100<br>
        nstenergy   = 100<br>
        nstlog        = 100<br>
        ns_type     = grid<br>
        nstlist        = 1<br>
        rlist            = 1.0<br>
        coulombtype    = PME<br>
        rcoulomb         = 1.0<br>
        vdwtype          = Cut-off<br>
        rvdw               = 1.0<br>
        pme_order       = 4<br>
        fourierspacing  = 0.16<br>
        pbc                 = xyz<br>
        tcoupl              = V-rescale<br>
        tc-grps             = system<br>
        tau_t                = 0.1<br>
        ref_t                 = 300<br>
        pcoupl              = berendsen<br>
        pcoupltype        = semiisotropic<br>
        tau_p                = 0.5<br>
        ref_p                 = 1.0 1.0<br>
        compressibility   = 0.0 4.5e-5<br>
        DispCorr            = Enerpres<br>
        gen_vel             = yes<br>
        gen_temp          = 300<br>
        gen_seed          = 173529<br>
<br>
        Regards<br>
        Vinoth<br>
<br>
<br>
    --<br>
    gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><font color="#888888">
<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:  +46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a></font><div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>