Hi all,<div><br></div><div>I&#39;m trying to convert a protein, that is protonated with another special software and by manually checking,  with pdb2gmx. I am  using FF53A6 forcefield and don&#39;t use -ignh option. When I run pdb2gmx it gives me this error. </div>
<div><br></div><div><br></div><div><div>Atom HA in residue VAL 1 not found in rtp entry with 8 atoms</div><div>             while sorting atoms. Maybe different protonation state.</div><div>             Remove this hydrogen or choose a different protonation state.</div>
<div>             Option -ignh will ignore all hydrogens in the input.</div></div><div><br></div><div>I understand that the hydrogen atom is not defined in forcefield for VAL residue and need selection protonation state interactively. </div>
<div><br></div><div>I wonder that there  is anyway to convert protonated protein for specified forcefield (including united-atom ff) and assign automatically protonation state according to bonded hydrogen in structure?</div>
<div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>Deniz. </div>