Hi Gromacians<br><br>I want to do equilibration of water (spc 
model) first in the NVT ensemble and then in the NPT ensemble to 
maintain a temperature of 300K and a pressure of 1 bar respectively. The
 NVT equilibration works fine and the average temperature turns out to 
be 299.229 K.<br>
<br>Energy                      Average       RMSD        Fluct.          Drift            Tot-Drift<br>------------------------------<div id=":72">-------------------------------------------------<br>Temperature                 299.229    10.3092    10.2463  0.0393873    3.93877<br>

Heat Capacity Cv:       12.494 J/mol K (factor = 0.00118698)<br><br> when
 i do NPT equilibration i am not getting the desired pressure as 1 bar 
or atleast close to 1 bar (between 1-1.4 bar). In the mdp file i used semiisotropic
 pressure coupling type because i want to fix the length of the box same
 on two axis as that of the original box size and want to change it only
 on one axis. can any one tell me why iam not getting the desired pressure 
of 1 bar?. <br>
<br>Energy                      Average       RMSD     Fluct.      Drift  Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Pressure (bar)               7.4339    574.052    573.574   0.812129    81.2138<br>
<br>Given below is my mdp file (NPT equilibration). any help is highly appreciated.<br><br>title           = DCE NVT equilibration <br>cpp           = usr/bin/cpp    <br>integrator   = md        <br>nsteps       = 100000<br>
dt              = 0.001        <br>nstxout       = 100        <br>nstvout       = 100        <br>nstenergy   = 100        <br>nstlog        = 100        <br>ns_type     = grid        <br>nstlist        = 1        <br>rlist            = 1.0    <br>
coulombtype    = PME        <br>rcoulomb         = 1.0        <br>vdwtype          = Cut-off       <br>rvdw               = 1.0        <br>pme_order       = 4    <br>fourierspacing  = 0.16<br>pbc                 = xyz    <br>
tcoupl              = V-rescale     <br>tc-grps             = system    <br>tau_t                = 0.1        <br>ref_t                 = 300         <br>pcoupl              = berendsen     <br>pcoupltype        = semiisotropic            <br>
tau_p                = 0.5    <br>ref_p                 = 1.0 1.0        <br>compressibility   = 0.0 4.5e-5        <br>DispCorr            = Enerpres    <br>gen_vel             = yes        <br>gen_temp          = 300        <br>
gen_seed          = 173529    <br><br>Regards<br>Vinoth<br>
<br></div>