Yes, I understand that. But then this is a protein in water simulation with CHarmm forcefield and I cannot find a reason as to why does this happen(esp after variable number of steps)? I have checked the .pdb files generated for the steps where Lincs fails and it seems that H atoms for atleast 1 sidechain are in incorrect positions(usually clashing). There doesn&#39;t seem to be a good way of analyzing this error. If you have any suggestions I would be eager to try them.<br>

<br>Pooja<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Oct 30, 2010 at 3:40 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

<div class="im"><br>
<br>
Sai Pooja wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
For Replica exchange, is there any advantage of in using SHAKE over LINCS(other than the stepsize)?<br>
 I am running an REM simulation and the simulation stops after running for variable number of steps (100000, 10000000 etc.) because some bond moves more than 30 degrees and LINCS gives a warning.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
It has been said (check the archive) that LINCS is more stable.  Just because you&#39;re getting LINCS warnings does not mean the constraint algorithm is to blame, it&#39;s just the first algorithm that fails when your model physics implodes.<br>


<br>
-Justin<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
Pooja<br>
<br>
-- <br>
Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>