Hello,<br><br>I have two questions regarding non equilibrium MD simulations in GROMACS.<br>1) If we use a thermostat (with T=300 K), will it subtract the non zero streaming velocity to maintain the temperature or will it reset the total velocity.<br>
2) How do we remove the COM motion only due to thermal noise and keep the motion due to external force as it is.<br><br>Thanks.<br><br>Sincerely<br>Apoorv <br>