<html>

<head>

<style><!--

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Tahoma

}

--></style>

</head>

<body class='hmmessage'>

Hi,<br><br>With wall_r_linpot your wall potential is linear from 1 nm downwards.<br>Since the LJ force is negative at 1 nm, your atoms are attracted to the walls.<br><br>But why not simply use two interfaces? You get double the sampling for free<br>and you do not have to bother with complicated wall setups.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Tue, 2 Nov 2010 11:49:48 +0530<br>From: kmvinoth@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] Reg:walls and pbc xy<br><br>Hi Gromacians<br><br>I want to create a liquid-liquid interface and study its properties. Hence i combined two boxes ( say water and DCE). The two boxes&nbsp; are well equilibrated before merging and i created an interface. Now i want to perform energy minimisation for the interface by appling pbc in the xy direction and using walls. ( If i apply pbc in all the directions i get two interfaces where as i need only one interface hence i am applying it only on the xy direction and removing the boundary condition in the Z direction.).When i performed the energy minimisation for the interfacial system but i found that my system is exploding (several PDB files are written while running mdrun is executed) and i dont know why?.There is no issue when i use pbc in all directions. below is my em.mdp file. any help is highly appreciated.<br>

<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 40.0&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.01<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; <br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>

nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; <br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; <br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3dc<br>nwall&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<br>wall_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 9-3<br>wall_r_linpot&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>wall_atomtype&nbsp;&nbsp; = opls_966 opls_968<br>wall_density&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 9-3 9-3<br>wall_ewald_zfac&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 3<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xy &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>fourierspacing&nbsp; = 0.18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

<br><br>Regards<br>Vinoth<br>

<br>-- 

gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org

http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users

Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 

www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.

Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists                                               </body>

</html>