<br><br>Hi<br>I read some papers and many simulations were performed under high temperature to induce the unfolded protein.  <br>However, the authors did not mention how they conducted the simulations under high temperature, 498 K. <br>
They did not mention which NVT or NPT were adopted for such high temperature.<br>None of any parameters about the temperature coupling and pressure coupling were described on the papers.<br><br><br>Are there any standard procedures to perform High temperature - MD simulation?<br>
Where can I find the standard procedures?<br><br><br>At 498K, protein is cooked.<br>Under NPT, the water evaporated. =&gt; so,   turn on pressure coupling with a (very) high pressure to keep the water molecules.<br>Under NVT, the pressure increased dramatically.<br>

So, to run MD simulations under the high temperature means to run the MD simulation under high pressure at the same time?<br><br><br><br>But, I did read one paper that the authors performed the MD simulation under high temperature and high pressures separately <br>
and further discuss the effect the high temperature and the high pressures on protein separately.<br><br><br><br>Thank you<br>Lin<br>