<span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Dear Mark Abraham</span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">In March 2010, In reply to question about [center peptide in simulation box], You answered:</span><br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">
<pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">OK, well keep playing with the trjconv options and choosing sensible groups for centering until you find something that pleases you. You may <br>need to do two different trjconv operations - one to center the peptide and one to group the waters in the same periodic cell as the peptide.<br>
<br>I want to know how can I do last (group the waters in the same periodic cell as the peptide)?<br><br><br></pre><br clear="all"><br>-- <br><pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Leila Karami<br>Ph.D. student of Physical Chemistry<br>
K.N. Toosi University of Technology<br>Theoretical Physical Chemistry Group</pre><br>