
<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>Dear all:</div><div><br></div><div>I used gromacs 4.5.2 to generate the topology for a small protein with charmm27.</div><div>pdb2gmx_mpi -f 1PIN.pdb -o protein.gro -vsite hydrogen -his -ignh -ter -p topol -nochargegrp</div><div><br></div><div>When I try to use the topology in grompp, the following error appeared:&nbsp;</div><div>Fatal error:</div><div>Can't do GB electrostatics; the forcefield is missing 1 values for</div><div>atomtype radii, or they might be negative</div><div><br></div><div>I was able to isolate the atom that's causing the problem, which is MCH3S in the Met residue (as shown in the attached segment of the topology). It was named MCH3 as in gromacs 4.5.1. However, if I rename the atom, then another error occurs:</div><div>&nbsp;&nbsp;No default Constr. No Conn. types (between atom 181 and 182)</div><div><br></div><div>This problem does NOT show up in 4.5.1.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Bin</div><div><br></div><div><br></div><div>========================================</div><div><br></div><div>&nbsp;&nbsp; 171 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;NH1 &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; &nbsp;N &nbsp; &nbsp;171 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.47 &nbsp; &nbsp; 15.015 &nbsp; ; qtot 1.53&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 172 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;H &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; HN &nbsp; &nbsp;172 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.31 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 1.84&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 173 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT1 &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp;173 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.07 &nbsp; &nbsp; 13.019 &nbsp; ; qtot 1.91&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 174 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HB &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp;174 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 2</div><div>&nbsp;&nbsp; 175 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT2 &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; CB &nbsp; &nbsp;175 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.18 &nbsp; &nbsp; 14.027 &nbsp; ; qtot 1.82&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 176 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp;HB1 &nbsp; &nbsp;176 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 1.91&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 177 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp;HB2 &nbsp; &nbsp;177 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 2</div><div>&nbsp;&nbsp; 178 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT2 &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; CG &nbsp; &nbsp;178 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.14 &nbsp; &nbsp; 14.027 &nbsp; ; qtot 1.86&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 179 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp;HG1 &nbsp; &nbsp;179 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 1.95&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 180 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp;HG2 &nbsp; &nbsp;180 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 2.04&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 181 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;S &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; SD &nbsp; &nbsp;181 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp;32.06 &nbsp; ; qtot 1.95&nbsp;</div><div><font class="Apple-style-span" color="#1E00FB">&nbsp;&nbsp; 182 &nbsp; &nbsp; &nbsp;MCH3S &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; MCE1 &nbsp; &nbsp;182 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; 7.5175 &nbsp; ; qtot 1.95&nbsp;</font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#1E00FB">&nbsp;&nbsp; 183 &nbsp; &nbsp; &nbsp;MCH3S &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; MCE2 &nbsp; &nbsp;183 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; &nbsp; 7.5175 &nbsp; ; qtot 1.95&nbsp;</font></div><div>&nbsp;&nbsp; 184 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;CT3 &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; CE &nbsp; &nbsp;184 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.22 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 1.73&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 185 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp;HE1 &nbsp; &nbsp;185 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 1.82&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 186 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp;HE2 &nbsp; &nbsp;186 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 1.91&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 187 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; HA &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp;HE3 &nbsp; &nbsp;187 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.09 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0 &nbsp; ; qtot 2</div><div>&nbsp;&nbsp; 188 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp;188 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.51 &nbsp; &nbsp; 12.011 &nbsp; ; qtot 2.51&nbsp;</div><div>&nbsp;&nbsp; 189 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; 15 &nbsp; &nbsp;MET &nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp;189 &nbsp; &nbsp; &nbsp;-0.51 &nbsp; &nbsp; 15.999 &nbsp; ; qtot 2</div><div><br></div></body></html>