Hi Erik,<br><br>I tried what you said: I made index groups containing only the atoms involved in that hbond and ran g_hbond again. The problem didn&#39;t persist.<br>So I wanted to check if I misinterpreted the map: for that, I compared my 4 index files: the one of my concatenated trajectory and the three of the separate trajectories.<br>
When I look at this comparison table and then at my concatenated hbond map, the results don&#39;t match: for example, the Hbond that has the number 1 in my concatenated trajectory doesn&#39;t appear in my concatenated map (it means that in my map, next to y=1, nothing appears), however, this same H-bond (same number of atoms involved) exists in my first and my third trajectories&#39; index files. So please could you explain how to interpret the map and if next to some y value in my map, nothing appears, is this value taken into account in my index file?<br>
<br>Thank you,<br>Carla<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 2, 2010 at 8:36 PM, Erik Marklund <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Erik Marklund skrev 2010-11-02 20.33:<div class="im"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Carla Jamous skrev 2010-11-02 17.35:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi to all,<br>
<br>
I&#39;m sorry I&#39;m asking again a question I asked a week ago but I still haven&#39;t found my answer:<br>
<br>
I concatenated 3 trajectories of 3 different molecules (that have the same number of atoms) with trjcat: trjcat -settime<br>
<br>
Then I ran g_hbond on the concatenated trajectory, I got an index.ndx file that contains an H-bond between the Thr121 of my protein and an atom N2 of my ligand. This H_bond  figures in the 3 trajectories when I look at the hbmap of my concatenated trajectory.<br>

<br>
On the other hand, I ran g_hbond on each of the 3 different trajectories. This H_bond doesn&#39;t exist in the index files of two of my trajectories. So it doesn&#39;t match the result I get with my concatenated trajectory.<br>

<br>
To be sure that this result is right, I calculated the angle and the r of my H-bond in VMD during each of the 3 trajectories and the results indicate that this H-bond doesn&#39;t exist (I consider that r must be &lt; or equal to 0.35 nm and angle &lt; or equal to 30 degrees).<br>

<br>
Please can anyone tell me why the results of g_hbond in my concatenated trajectory don&#39;t match the results of g_hbond on each of my trajectories?<br>
<br>
Thank you<br>
<br>
Carla<br>
</blockquote>
Hi,<br>
<br>
This sounds strange. Could you file a bugzilla and either upload the trajectories+tpr, or, if the files are huge, make them available my other means? I need to have a closer look, perhaps through a debugger.<br>
<br>
</blockquote></div>
A simple test you could do yourself is to make index groups containing only the atoms involved in that hbond and run g_hbond again. If the problem persists, then it looks like a bug. If not, then I still can&#39;t rule out misinterpretation of the matrix.<br>
<font color="#888888">
<br>
Erik</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
-- <br>
-----------------------------------------------<br>
Erik Marklund, PhD student<br>
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>
Husargatan 3, Box 596,    75124 Uppsala, Sweden<br>
phone:    +46 18 471 4537        fax: +46 18 511 755<br>
<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se" target="_blank">erikm@xray.bmc.uu.se</a>    <a href="http://folding.bmc.uu.se/" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se/</a><br>
<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>