Thanks Justin. I was just making sure that I was modifying the relevant files. <br>
<div class="gmail_quote">On Thu, Nov 4, 2010 at 2:17 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im"><br><br>Sai Pooja wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">When using the charmm forcefield, the following is the case:<br> 1. ffnonbonded.itp - has listed paramters for tip3p (and other water models) OWT3  and HWT3<br>

2. ffbonded.itp - does not have paramters for OWT3 and HWT3<br> Does this mean:<br> 1. nonbonded parameters for tip3p are read from ffnonbonded.itp for ALL nonbonded interactions OR<br>for water-water interactions are read from tip3p.itp file and for protein-water are read from ffnonbonded.itp?<br>

 <br></blockquote><br></div>Nonbonded interactions are applied uniformly, unless they are modified in a specific [nonbond_params] directive.  Isn&#39;t this something we&#39;ve worked through before?<br><br><a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-October/055332.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-October/055332.html</a> 
<div class="im"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">2.bonded paramters for tip3p are read from tip3p.itp file?<br> <br></blockquote><br></div>Bonded parameters for water models are really only relevant if using a flexible model (which you shouldn&#39;t).  Otherwise, the SETTLE algorithm simply fixes the geometry.  This is all determined by the #ifdef FLEXIBLE statement in, for instance, tip3p.itp.<br>

<br>-Justin 
<div class="im"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Pooja<br><br><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br><br></blockquote><br></div>-- <br>

========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]<a href="http://vt.edu/" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>

<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br><font color="#888888">-- <br>

gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>