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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 3/11/2010 9:04 PM, leila karami wrote:

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTimpS9NqzjsjpGhzLaD5Kmwe8ESewAPk2yYLa-nZ@mail.gmail.com"

      type="cite"><span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">Dear

        Mark Abraham</span><br style="font-family:

        arial,helvetica,sans-serif;">

      <br style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">

      <span style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">In March

        2010, In reply to question about [center peptide in simulation

        box], You answered:</span><br style="font-family:

        arial,helvetica,sans-serif;">

      <pre style="font-family: arial,helvetica,sans-serif;">OK, well keep playing with the trjconv options and choosing sensible groups for centering until you find something that pleases you. You may 

need to do two different trjconv operations - one to center the peptide and one to group the waters in the same periodic cell as the peptide.

I want to know how can I do last (group the waters in the same periodic cell as the peptide)?

</pre>

    </blockquote>

    <br>

    I'd find the answer to this by reading trjconv -h and experimenting

    :-)<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>