Dear Lina,<br>could you express these commands clearly? I am a new user!<br><br>editconf -f peptide.pdb/.gro -o peptide_center_in_simulation_<div id=":12o">box.gro -center x/2 y/2 z/2 -box x y z<br>
genbox   -cp peptide_center_in_simulation_box.gro -cs spc216.gro -o they_are_in_the_same_box_now.gro -p topol.top<br>
<br></div>