<p>Dear all,</p>
<div>I tried to send this message earlier, but I had attached a pdb file and apparently it exceeded the size allowed in the mailing list and is awinting for the list moderator to evaluate it. I apologize if the message is sent twice.</div>

<div> </div>
<div>I am trying to solvate a protein in a box of acetonitrile using genbox. My initial solvent box is a cubic box containing 300 molecules of acetonitrile that has been equilibrated for 500 ps at constant P and T.</div>

<p>I used the following protocol to generate the box:</p>
<div>#######################################################################################</div>
<div>#create the box<br>editconf -f protein.pdb -d 1.2 -o protein_in_box.pdb  -bt dodecahedron</div>
<p>#solvate<br>genbox -cp protein_in_box.pdb -cs acetonitrile_eq.gro -o protein_in_acetonitrile.gro</p>
<p>#convert the box to visualize it<br>touch empty.mdp</p>
<p>grompp -f empty.mdp  -c protein_in_acetonitrile.gro  -p 01_make_top/protein_ACN.top</p>
<div>trjconv -f protein_in_acetonitrile.gro -o protein_in_acetonitrile.pdb -pbc atom   -ur compact &lt;&lt;EOF<br>0<br>EOF</div>
<div>#######################################################################################</div>
<div><br>After these steps I get a box that has holes and I can&#39;t understand  why. </div>
<div> </div>
<div>I couldn&#39;t send the final pdb file in attachment, if anyone thinks he/she can help and whishes to see the pdb file I will send it to your email.</div>
<p>Thanks in advance.</p>
<p>Diana<br clear="all"><br>-- <br>Diana Lousa<br>PhD student<br>Protein Modeling Laboratory<br>ITQB/UNL<br>Oeiras, Portugal<br></p>