<p>Hi Diana,</p>
<p>Yeah, my reply was a bit off, as Vitaly had already pointed out. Lazy reading, sorry. But are these holes created by genbox, or are they already present in the acn solven box? Have you already checked all intermediate structures?</p>

<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Nov 6, 2010 7:25 PM, &quot;Diana Lousa&quot; &lt;<a href="mailto:dlousa@itqb.unl.pt">dlousa@itqb.unl.pt</a>&gt; wrote:<br><br>Hello,<div><br></div><div>No, the hole don&#39;t correspond to parts of the protein sticking out on the other side. The protein is in the center of the box and the holes are not due to pbc issues. </div>
<div><br></div>
<div><br></div><div>Diana <br><br><div class="gmail_quote"><p><font color="#500050">On Fri, Nov 5, 2010 at 10:10 PM, Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com">tsjerkw@gmail.com</a>&gt; wrote:
</font></p><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p><font color="#500050">&gt;
&gt; Hey,
&gt;
&gt; Do the holes match the parts of the protein sticking out on the other side?
&gt;
&gt; Tsjerk
...</font></p>--<p><font color="#500050">
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-u.">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-u.</a>..</font></p></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><p><font color="#500050">Diana Lousa
PhD student
Protein Modeling Laboratory
ITQB/UNL
Oeiras, Portugal
</font></p></div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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