Hi Martin,<br><br>Well, I was browsing the source code just yesterday cause I also noticed that with steep integrator mdrun does not notice -rerun presence. And it turned out that in do_steep() no one cares if -rerun is on. And if you think for a moment what it does, it makes sense. However, it would be good to add a check in the future releases so that gmx_fatal() is called in case someone combines -rerun with integrators from minimize.c.<br>
<br>I&#39;m happy that I was helpful.<br><br>Chris<br><br><div class="gmail_quote">2010/11/6 Martin Kamp Jensen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:martin.kamp.jensen@gmail.com">martin.kamp.jensen@gmail.com</a>&gt;</span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="gmail_quote">Hi Chris,</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">
<div class="im">On Sat, Nov 6, 2010 at 5:58 PM, Krzysztof Mlynarczyk <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:mitomaster@gmail.com" target="_blank">mitomaster@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">Hi,<br><br>You need to use md integrator for -rerun to work.<br></blockquote><div><br></div>
</div><div>Aha, now it seems to work. Thanks!</div>
<div><br></div><div>I am just sad that I did not find that information. According to <a href="http://manual.gromacs.org/current/online/mdrun.html" target="_blank">http://manual.gromacs.org/current/online/mdrun.html</a> &quot;With -rerun an input trajectory can be given for which forces and energies will be (re)calculated. Neighbor searching will be performed for every frame, unless nstlist is zero (see the .mdp file).&quot;</div>
<div><div></div><div class="h5">
<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><br>Good luck,<br>Chris<br><br><div class="gmail_quote">2010/11/6 Martin Kamp Jensen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:martin.kamp.jensen@gmail.com" target="_blank">martin.kamp.jensen@gmail.com</a>&gt;</span><br>


<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div><div></div><div>Hello,<div><br></div><div>Hopefully someone can help me understand how to use the mdrun -rerun functionality, because currently I am confused. I would like to be able to look up potential energy values for a number of conformations by calling mdrun -rerun once.</div>



<div><br></div><div>The idea to use mdrun -rerun is from advice given to me by Mark Abraham on the gmx-developers list (<a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2010-September/004731.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2010-September/004731.html</a> and <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2010-October/004770.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2010-October/004770.html</a>):</div>



<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
You want GROMACS to find the energy of a potentially infinite set of coordinates that appear magically, and that is what mdrun -rerun does.</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">



<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
The elegant way to do that is to write your series of conformations to a pseudo-trajectory (in whichever of GROMACS many trajectory formats is convenient to you), and then invoke mdrun -rerun on that trajectory with a suitable .tpr. Then you either parse the .log file or the output .edr file for the energies.</blockquote>



<div><br></div><div>I wanted to find out how this works so I have been experimenting. I started out by looking at the Peptide tutorial at <a href="http://manual.gromacs.org/current/online/speptide.html" target="_blank">http://manual.gromacs.org/current/online/speptide.html</a>. I used three different mdp files (integrator = steep, nsteps = 0, 1, 2). This gave me three conformations and their energy values. For testing purposes I then wanted to get the energy values for those three conformations using mdrun -rerun (and since I already have the correct energy values it is easy to verify the results).</div>



<div><br>First, I created a trajectory by concatenating the three conformations (gro files) into one gro file (which is okay according to <a href="http://manual.gromacs.org/current/online/gro.html" target="_blank">http://manual.gromacs.org/current/online/gro.html</a>: &quot;gro files can be used as trajectory by simply concatenating files&quot;). I then used an mdp file with integrator = steep and nsteps = 0 indicating that I just want the energy value (listed in the output, in the log file or by using g_energy). Now, by using mdrun -s &lt;tpr file&gt; -rerun &lt;gro trajectory file&gt; I only get the energy value for the first conformation listed in the gro file used to create the tpr file. The -rerun option does not seem to have any effect at all.</div>



<div><br></div><div>I used the following commands three times to create three different conformations (one conf_mdrun.gro file for each time) with different energy values. I am just setting nsteps to 0, 1, or 2 (integrator = steep) in em.mdp.</div>



<div><br></div><div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
pdb2gmx -f speptide -o conf_pdb2gmx -p top_pdb2gmx -i top_pdb2gmx &lt;&lt; EOF</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">


1</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
1</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
EOF</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
editconf -f conf_pdb2gmx -o conf_editconf -d 0.5</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
genbox -cp conf_editconf -cs -p top_pdb2gmx -o conf_genbox</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
mv top_pdb2gmx.top top_genbox.top</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
mv &quot;#top_pdb2gmx.top.1#&quot; top_pdb2gmx.top</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
grompp -f em -po em_grompp -c conf_genbox -p top_genbox -o em_grompp</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
mdrun -s em_grompp -o mdrun -c conf_mdrun -e mdrun -g mdrun</blockquote></div><div><br></div><div>I was hoping the following would give me the three energy values for the three conformations in 2+1+0.gro, which is the concatenation of the three conf_mdrun.gro files from before. However, I just get the energy value from the first conformation in the file. Using the -rerun option does not make a difference (I can put whatever after -rerun, even files that do not exist, without any effect).</div>



<div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
grompp -f em -po em_grompp -c gro/2+1+0 -p top_genbox -o em_grompp</blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0px 0px 0px 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
mdrun -s em_grompp.tpr -rerun gro/2+1+0.gro</blockquote><div><br></div><div>Regards,</div><div>Martin.</div>
<br></div></div>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div></div></div><br><div>Regards,<br></div><font color="#888888"><div>
Martin.</div>
</font><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>