Hi,<br>I&#39;m using the OPLS force field.<br><br>[ PHE ]<br> [ atoms ]<br>     N    opls_238   -0.500     1<br>     H    opls_241    0.300     1<br>    CA    opls_224B   0.140     1<br>    HA    opls_140    0.060     1<br>
    CB    opls_149   -0.005     2<br>   HB1    opls_140    0.060     2<br>   HB2    opls_140    0.060     2<br>    CG    opls_145   -0.115     2<br>   CD1    opls_145   -0.115     3<br>   HD1    opls_146    0.115     3<br>
   CD2    opls_145   -0.115     4<br>   HD2    opls_146    0.115     4<br>   CE1    opls_145   -0.115     5<br>   HE1    opls_146    0.115     5<br>   CE2    opls_145   -0.115     6<br>   HE2    opls_146    0.115     6 <br>
    CZ    opls_145   -0.115     7 <br>    HZ    opls_146    0.115     7<br>     C    opls_235    0.500     8<br>     O    opls_236   -0.500     8<br><br>I want to attach &quot;CL&quot; atom instead of HZ<br>i made my pdb but when i use pdb2gmx, it adds HZ automatically in gro and top files.<br>
What should i do to get rid of this HZ and attach CL instead.<br>(I edited top and gro files and remove HZ from them, it seemed to work properly at first, but when i tried to do energy minimization, it had errors in top file<br>
 and i realized that it couldn&#39;t recognized the bond between CL and CZ):<br><br>ERROR 1 [file topol.top, line 150]:<br>  No default Bond types<br><br><br>ERROR 2 [file topol.top, line 422]:<br>  No default Angle types<br>
<br><br>ERROR 3 [file topol.top, line 423]:<br>  No default Angle types<br><br>  <i>&quot;topol.top&quot;:</i><br>...<br>    58   opls_146      3    PHE     HE2     22      0.115      1.008    ; qtot 0.9<br>    59   opls_145      3    PHE     CZ       23     -0.115     12.011   ; qtot 0.785<br>
    60   opls_271      3    PHE     C         24        0.7     12.011     ; qtot 1.6<br>    61   opls_272      3    PHE     O1       24       -0.8    15.9994    ; qtot 0.8<br>    62   opls_272      3    PHE     O2       24       -0.8    15.9994    ; qtot 0<br>
    63   opls_135      4    EtOH    CB       25      -0.18     12.011    ; qtot -0.18<br>    64   opls_140      4    EtOH    HB1     25       0.06      1.008     ; qtot -0.12<br>    65   opls_140      4    EtOH    HB2     25       0.06      1.008     ; qtot -0.06<br>
    66   opls_401      5    CL        CL       26         -1     35.453      ; qtot -1.06<br>...<br>[ bonds ]<br>...<br>  59    66     1 <br>   60    61     1 <br>   60    62     1 <br>   63    64     1 <br>   63    65     1 <br>
...<br>[ angles ]<br>...<br>   58    57    59     1 <br>   55    59    57     1 <br>   55    59    66     1 <br>   57    59    66     1 <br>   45    60    61     1 <br>   45    60    62     1 <br>   61    60    62     1 <br>
   64    63    65     1 <br>...<br>  <br>