It is surprising!,<br>Because I used -sep option But it made 20 pdb file separately  with 0 byte!<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 8, 2010 at 11:26 AM, mohsen ramezanpour <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ramezanpour.mohsen@gmail.com">ramezanpour.mohsen@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">of course I could generate a pdb file without -b and -e options,but I don&#39;t want it.<br>
<br>besides I did the same process with xtc file and I resulted in a 0 byte file :(<div><div></div><div class="h5"><br><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 8, 2010 at 11:21 AM, mohsen ramezanpour <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ramezanpour.mohsen@gmail.com" target="_blank">ramezanpour.mohsen@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Dear justin<br><br>I checked what you said,yes,both of them(trr and xtc files) were completely done as I wanted in my mdp file.<br>

<br>what is your points of view?<div><div></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 7, 2010 at 9:15 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>


<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><br>
<br>
Vitaly Chaban wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Did you try to re-run your trajectory? Does the problem persist then?<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Perhaps the faster solution would be to see what gmxcheck says about the trajectory.<br>
<br>
-Justin<div><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
I have a trajectory with 20000 frames.<br>
i want to separate just 1000 last frames of it in pdb formt and 1000 first<br>
frames too.<br>
I entered this command:<br>
trjconv  -f  mmm.trr  -o nnn.pdb -s  lll.tpr  -b 800  -e 1000<br>
<br>
actually my total time is 1000 ps.<br>
the process was  not  done completely!<br>
when I delete -e option it is done completely but the the result file is 0<br>
byte,then i can not earn anything.<br>
what is the problem?<br>
<br>
thanks in advance for your comments<br>
Mohsen<br>
</blockquote></blockquote>
<br>
-- <br></div>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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