Hi everyone,<br><br>I ran g_hbond on a trajectory. When g_hbond asks for two groups in the index file, I give:<br>group1: &quot;Protein&quot;<br>group2: &quot;ligand&quot;<br>The output .ndx file contains 44 Hbonds.<br><br>
In order to verify my result on each and every Hbond, I ran g_hbond on the same trajectory but this time in my index file, I gave atom triplets, so when g_hbond asks for two groups, I give for example:<br>group1: &quot;a4810_a4811_a1857&quot;<br>
group2: &quot;a4810_a4811_a1857&quot;<br>Surprisingly, 10 of the 44 Hbonds are not found using this method.<br><br>Am I doing something wrong or is there a problem with g_hbond?<br><br>Thank you,<br><br>Carla<br>