<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 9/11/2010 8:19 PM, hengame fallah wrote:

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTim45r1-5Wbq1NqLVjq5N6EqKu+_ZTTXqD3ysUSM@mail.gmail.com"

      type="cite">Thanks Justin,<br>

      actually the protein that i want to simulate consists of two amino

      acids: PHE and BOC<br>

      BOC is an unusual amino acid as you know.<br>

      It has a Cl instead of HZ in PHE and has one extra CH2 in

      comparison to PHE<br>

    </blockquote>

    <br>

    So that probably means you'll have to pay care to the [bonds]

    section in the .rtp file. The only bonds GROMACS knows about are the

    ones in the .rtp. They have to be right. The errors below look like

    you haven't done it right.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTim45r1-5Wbq1NqLVjq5N6EqKu+_ZTTXqD3ysUSM@mail.gmail.com"

      type="cite">

      I finally defined a residue BOC in opls .rtp file:<br>

      &nbsp;<br>

      [ BOC ]<br>

      &nbsp;[ atoms ]<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_238&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_241&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_224B&nbsp; -0.005&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      &nbsp;&nbsp; HA1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      &nbsp;&nbsp; HA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_149&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

      &nbsp;&nbsp; HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

      &nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

      &nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

      &nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>

      &nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

      &nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>

      &nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

      &nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>

      &nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>

      &nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 <br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.885&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_264&nbsp;&nbsp; -1.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>

      &nbsp;&nbsp; CG2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_071&nbsp;&nbsp; -0.005&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

      &nbsp;&nbsp; HG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

      &nbsp;&nbsp; HG2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_235&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>

      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_236&nbsp;&nbsp; -0.700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>

      <br>

      the ending part of my PDB is:<br>

      ...<br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; HE2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.946&nbsp;&nbsp; 8.455&nbsp;&nbsp; 4.409

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp; CZ&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.456&nbsp; 10.015&nbsp;&nbsp; 4.624

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; HZ&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.887&nbsp; 10.646&nbsp;&nbsp; 3.828

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; N&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.862&nbsp;&nbsp; 5.210&nbsp;&nbsp; 5.333

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; H&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.325&nbsp;&nbsp; 4.344&nbsp;&nbsp; 5.618

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp; CA&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.001&nbsp;&nbsp; 5.232&nbsp;&nbsp; 4.169

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp; HA1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.540&nbsp;&nbsp; 6.235&nbsp;&nbsp; 4.026

      <br>

    </blockquote>

    <br>

    HA2 is missing here, per your .rtp<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTim45r1-5Wbq1NqLVjq5N6EqKu+_ZTTXqD3ysUSM@mail.gmail.com"

      type="cite">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp; CB&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.797&nbsp;&nbsp; 4.794&nbsp;&nbsp; 2.924

      <br>

      <span style="background-color: rgb(255, 102, 102);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46

        HB1&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.244&nbsp;&nbsp; 3.809&nbsp;&nbsp; 3.204

      </span><br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp; CG1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.976&nbsp;&nbsp; 5.730&nbsp;&nbsp; 2.589

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp; CG2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.935&nbsp;&nbsp; 4.544&nbsp;&nbsp; 1.698

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp; CD1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.231&nbsp;&nbsp; 3.466&nbsp;&nbsp; 0.845

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; HD1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.070&nbsp;&nbsp; 2.790&nbsp;&nbsp; 1.081

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp; CD2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.120&nbsp;&nbsp; 5.408&nbsp;&nbsp; 1.353

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp; HD2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.357&nbsp;&nbsp; 6.277&nbsp;&nbsp; 1.986

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53&nbsp; CE1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.471&nbsp;&nbsp; 3.236&nbsp; -0.312

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp; HE1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.717&nbsp;&nbsp; 2.381&nbsp; -0.964

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55&nbsp; CE2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.881&nbsp;&nbsp; 5.182&nbsp;&nbsp; 0.197

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp; HE2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.706&nbsp;&nbsp; 5.870&nbsp; -0.054

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57&nbsp; CZ&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.591&nbsp;&nbsp; 4.093&nbsp; -0.639

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp; C&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.565&nbsp;&nbsp; 7.148&nbsp;&nbsp; 2.291

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp; O&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.716&nbsp;&nbsp; 8.035&nbsp;&nbsp; 3.131

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp; CL&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.525&nbsp;&nbsp; 3.816&nbsp; -2.062

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61&nbsp; HA2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.172&nbsp;&nbsp; 4.511&nbsp;&nbsp; 4.360

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp; HG1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.530&nbsp;&nbsp; 5.331&nbsp;&nbsp; 1.707

      <br>

      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63&nbsp; HG2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.708&nbsp;&nbsp; 5.729&nbsp;&nbsp; 3.431<br>

      <br>

      Now i got t this error:<br>

      ...<br>

      There are 1 chains and 0 blocks of water and 3 residues with 63

      atoms<br>

      <br>

      &nbsp; chain&nbsp; #res #atoms<br>

      &nbsp; 1 ' '&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63&nbsp; <br>

      <br>

      All occupancy fields zero. This is probably not an X-Ray structure<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.atp<br>

      Atomtype 1<br>

      Reading residue database... (ffoplsaa)<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.rtp<br>

      Residue 57<br>

      Sorting it all out...<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.hdb<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa-n.tdb<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa-c.tdb<br>

      <br>

      Back Off! I just backed up topol.top to ./#topol.top.69#<br>

      Processing chain 1 (63 atoms, 3 residues)<br>

      There are 3 donors and 3 acceptors<br>

      There are 4 hydrogen bonds<br>

      Checking for duplicate atoms....<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/specbond.dat<br>

      7 out of 7 lines of specbond.dat converted succesfully<br>

      N-terminus: NH3+<br>

      C-terminus: COO-<br>

      Now there are 3 residues with 68 atoms<br>

      Making bonds...<br>

      Warning: Long Bond (52-53 = 0.334847 nm)<br>

      Warning: Long Bond (52-55 = 0.334912 nm)<br>

      Warning: Long Bond (63-64 = 0.271173 nm)<br>

      Warning: Long Bond (63-65 = 0.347808 nm)<br>

      Warning: Long Bond (63-66 = 0.31288 nm)<br>

    </blockquote>

    <br>

    This is telling you the connectivity in your .rtp doesn't match the

    spatial arrangement very well. Go back and check the .rtp file.<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTim45r1-5Wbq1NqLVjq5N6EqKu+_ZTTXqD3ysUSM@mail.gmail.com"

      type="cite">Opening library file

      /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>

      <br>

      -------------------------------------------------------<br>

      Program pdb2gmx, VERSION 4.0.7<br>

      Source code file: ../../../../src/kernel/add_par.c, line: 233<br>

      <br>

      <span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Fatal error:</span><br>

      Atom <span style="background-color: rgb(255, 102, 102);">HB11</span>

      not found in rtp database in residue BOC, it looks a bit like HB1<br>

    </blockquote>

    <br>

    pdb2gmx is probably hopelessly confused by now. Fix the other issues

    and try again.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTim45r1-5Wbq1NqLVjq5N6EqKu+_ZTTXqD3ysUSM@mail.gmail.com"

      type="cite">

      -------------------------------------------------------<br>

      ...<br>

      <br>

      What should i do?<br>

      <br>

      <br>

      <div class="gmail_quote">On Sun, Nov 7, 2010 at 4:49 PM, Justin A.

        Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"

            href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span>

        wrote:<br>

        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

          padding-left: 1ex;">

          <div>

            <div class="h5"><br>

              <br>

              hengame fallah wrote:<br>

              <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

                0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

                padding-left: 1ex;">

                Hi,<br>

                I'm using the OPLS force field.<br>

                <br>

                [ PHE ]<br>

                &nbsp;[ atoms ]<br>

                &nbsp; &nbsp; N &nbsp; &nbsp;opls_238 &nbsp; -0.500 &nbsp; &nbsp; 1<br>

                &nbsp; &nbsp; H &nbsp; &nbsp;opls_241 &nbsp; &nbsp;0.300 &nbsp; &nbsp; 1<br>

                &nbsp; &nbsp;CA &nbsp; &nbsp;opls_224B &nbsp; 0.140 &nbsp; &nbsp; 1<br>

                &nbsp; &nbsp;HA &nbsp; &nbsp;opls_140 &nbsp; &nbsp;0.060 &nbsp; &nbsp; 1<br>

                &nbsp; &nbsp;CB &nbsp; &nbsp;opls_149 &nbsp; -0.005 &nbsp; &nbsp; 2<br>

                &nbsp; HB1 &nbsp; &nbsp;opls_140 &nbsp; &nbsp;0.060 &nbsp; &nbsp; 2<br>

                &nbsp; HB2 &nbsp; &nbsp;opls_140 &nbsp; &nbsp;0.060 &nbsp; &nbsp; 2<br>

                &nbsp; &nbsp;CG &nbsp; &nbsp;opls_145 &nbsp; -0.115 &nbsp; &nbsp; 2<br>

                &nbsp; CD1 &nbsp; &nbsp;opls_145 &nbsp; -0.115 &nbsp; &nbsp; 3<br>

                &nbsp; HD1 &nbsp; &nbsp;opls_146 &nbsp; &nbsp;0.115 &nbsp; &nbsp; 3<br>

                &nbsp; CD2 &nbsp; &nbsp;opls_145 &nbsp; -0.115 &nbsp; &nbsp; 4<br>

                &nbsp; HD2 &nbsp; &nbsp;opls_146 &nbsp; &nbsp;0.115 &nbsp; &nbsp; 4<br>

                &nbsp; CE1 &nbsp; &nbsp;opls_145 &nbsp; -0.115 &nbsp; &nbsp; 5<br>

                &nbsp; HE1 &nbsp; &nbsp;opls_146 &nbsp; &nbsp;0.115 &nbsp; &nbsp; 5<br>

                &nbsp; CE2 &nbsp; &nbsp;opls_145 &nbsp; -0.115 &nbsp; &nbsp; 6<br>

                &nbsp; HE2 &nbsp; &nbsp;opls_146 &nbsp; &nbsp;0.115 &nbsp; &nbsp; 6<br>

                &nbsp; &nbsp;CZ &nbsp; &nbsp;opls_145 &nbsp; -0.115 &nbsp; &nbsp; 7<br>

                &nbsp; &nbsp;HZ &nbsp; &nbsp;opls_146 &nbsp; &nbsp;0.115 &nbsp; &nbsp; 7<br>

                &nbsp; &nbsp; C &nbsp; &nbsp;opls_235 &nbsp; &nbsp;0.500 &nbsp; &nbsp; 8<br>

                &nbsp; &nbsp; O &nbsp; &nbsp;opls_236 &nbsp; -0.500 &nbsp; &nbsp; 8<br>

                <br>

                I want to attach "CL" atom instead of HZ<br>

                i made my pdb but when i use pdb2gmx, it adds HZ

                automatically in gro and top files.<br>

                What should i do to get rid of this HZ and attach CL

                instead.<br>

              </blockquote>

              <br>

            </div>

          </div>

          If the .rtp entry says to build PHE with those constituent

          atoms, it will do so. &nbsp;You can make a custom .rtp entry that

          has CL instead of HZ.

          <div class="im"><br>

            <br>

            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

              padding-left: 1ex;">

              (I edited top and gro files and remove HZ from them, it

              seemed to work properly at first, but when i tried to do

              energy minimization, it had errors in top file<br>

              &nbsp;and i realized that it couldn't recognized the bond

              between CL and CZ):<br>

              <br>

              ERROR 1 [file topol.top, line 150]:<br>

              &nbsp;No default Bond types<br>

              <br>

              <br>

              ERROR 2 [file topol.top, line 422]:<br>

              &nbsp;No default Angle types<br>

              <br>

              <br>

              ERROR 3 [file topol.top, line 423]:<br>

              &nbsp;No default Angle types<br>

              <br>

            </blockquote>

            <br>

          </div>

          All of these errors indicate that OPLS cannot accommodate such

          a species. Making ad hoc changes to the topology often does

          this. &nbsp;Look at what these lines contain and you will be able

          to identify the relevant parameters that are missing.<br>

          <br>

          &lt;snip&gt;

          <div class="im"><br>

            <br>

            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

              padding-left: 1ex;"> &nbsp; &nbsp;66 &nbsp; opls_401 &nbsp; &nbsp; &nbsp;5 &nbsp; &nbsp;CL &nbsp; &nbsp; &nbsp;

              &nbsp;CL &nbsp; &nbsp; &nbsp; 26 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; -1 &nbsp; &nbsp; 35.453 &nbsp; &nbsp; &nbsp;; qtot -1.06<br>

            </blockquote>

            <br>

          </div>

          I would seriously question the validity of doing this. &nbsp;Is it

          really correct to put (essentially) a Cl- ion on a Phe ring

          and call it correct? &nbsp;Proper parameterization is a very

          challenging task, and I doubt what you've proposed here is

          valid.<br>

          <br>

          <a moz-do-not-send="true"

            href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization"

            target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization</a><br>

          <br>

          -Justin

          <div class="im"><br>

            <br>

            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt

              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);

              padding-left: 1ex;">

              ...<br>

              [ bonds ]<br>

              ...<br>

              &nbsp;59 &nbsp; &nbsp;66 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 60 &nbsp; &nbsp;61 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 60 &nbsp; &nbsp;62 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 63 &nbsp; &nbsp;64 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 63 &nbsp; &nbsp;65 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              ...<br>

              [ angles ]<br>

              ...<br>

              &nbsp; 58 &nbsp; &nbsp;57 &nbsp; &nbsp;59 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 55 &nbsp; &nbsp;59 &nbsp; &nbsp;57 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 55 &nbsp; &nbsp;59 &nbsp; &nbsp;66 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 57 &nbsp; &nbsp;59 &nbsp; &nbsp;66 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 45 &nbsp; &nbsp;60 &nbsp; &nbsp;61 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 45 &nbsp; &nbsp;60 &nbsp; &nbsp;62 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 61 &nbsp; &nbsp;60 &nbsp; &nbsp;62 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              &nbsp; 64 &nbsp; &nbsp;63 &nbsp; &nbsp;65 &nbsp; &nbsp; 1<br>

              ...<br>

              &nbsp;<br>

            </blockquote>

            <br>

          </div>

          -- <br>

          ========================================<br>

          <br>

          Justin A. Lemkul<br>

          Ph.D. Candidate<br>

          ICTAS Doctoral Scholar<br>

          MILES-IGERT Trainee<br>

          Department of Biochemistry<br>

          Virginia Tech<br>

          Blacksburg, VA<br>

          jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true" href="http://vt.edu"

            target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>

          <a moz-do-not-send="true"

            href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"

            target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>

          <br>

          ========================================<br>

          <font color="#888888">

            -- <br>

            gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"

              href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>

            <a moz-do-not-send="true"

              href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"

              target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>

            Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"

              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"

              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>

            before posting!<br>

            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use

            the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"

              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"

              target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>

            Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"

              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"

              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

          </font></blockquote>

      </div>

      <br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>