<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 9/11/2010 9:09 PM, hengame fallah wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTimMmmVB0PWDSTQt+725RikirotvnPxo+yP7EF3K@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear Mark,<br>
      <br>
      I edited my pdb like this:<br>
      ...<br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; N&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.862&nbsp;&nbsp; 5.210&nbsp;&nbsp; 5.333
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; H&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.325&nbsp;&nbsp; 4.344&nbsp;&nbsp; 5.618
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp; CA&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.001&nbsp;&nbsp; 5.232&nbsp;&nbsp; 4.169
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp; HA1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.540&nbsp;&nbsp; 6.235&nbsp;&nbsp; 4.026<br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp; HA2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.172&nbsp;&nbsp; 4.511&nbsp;&nbsp; 4.360
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp; CB&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.797&nbsp;&nbsp; 4.794&nbsp;&nbsp; 2.924
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp; HB1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.244&nbsp;&nbsp; 3.809&nbsp;&nbsp; 3.204
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp; CG1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.976&nbsp;&nbsp; 5.730&nbsp;&nbsp; 2.589<br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp; CD1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.231&nbsp;&nbsp; 3.466&nbsp;&nbsp; 0.845
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; HD1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.070&nbsp;&nbsp; 2.790&nbsp;&nbsp; 1.081
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp; CD2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.120&nbsp;&nbsp; 5.408&nbsp;&nbsp; 1.353
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp; HD2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.357&nbsp;&nbsp; 6.277&nbsp;&nbsp; 1.986
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53&nbsp; CE1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.471&nbsp;&nbsp; 3.236&nbsp; -0.312
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp; HE1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.717&nbsp;&nbsp; 2.381&nbsp; -0.964
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55&nbsp; CE2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.881&nbsp;&nbsp; 5.182&nbsp;&nbsp; 0.197
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp; HE2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.706&nbsp;&nbsp; 5.870&nbsp; -0.054
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57&nbsp; CZ&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.591&nbsp;&nbsp; 4.093&nbsp; -0.639<br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp; CG2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.935&nbsp;&nbsp; 4.544&nbsp;&nbsp; 1.698<br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp; HG1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.530&nbsp;&nbsp; 5.331&nbsp;&nbsp; 1.707
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp; HG2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.708&nbsp;&nbsp; 5.729&nbsp;&nbsp; 3.431
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61&nbsp; C&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.565&nbsp;&nbsp; 7.148&nbsp;&nbsp; 2.291
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp; O&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.716&nbsp;&nbsp; 8.035&nbsp;&nbsp; 3.131
      <br>
      ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63&nbsp; Cl&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.525&nbsp;&nbsp; 3.816&nbsp; -2.062
      <br>
      END<br>
      <br>
      and my .rtp file for [ BOC ] is:<br>
      <br>
      <span style="background-color: rgb(102, 204, 204);">[ BOC ]</span><br>
      &nbsp;<span style="background-color: rgb(255, 255, 153);">[ atoms ]</span><br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_238&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_241&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_224B&nbsp; -0.005&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
      &nbsp;&nbsp; HA1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
      &nbsp;&nbsp; HA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_149&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
      &nbsp;&nbsp; HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
      &nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
      &nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
      &nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
      &nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
      &nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
      &nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
      &nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
      &nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>
      &nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.885&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_264&nbsp;&nbsp; -1.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>
      &nbsp;&nbsp; CG2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_071&nbsp;&nbsp; -0.005&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
      &nbsp;&nbsp; HG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
      &nbsp;&nbsp; HG2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_235&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_236&nbsp;&nbsp; -0.700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>
      &nbsp;<span style="background-color: rgb(255, 255, 153);">[ bonds ]</span><br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; HA1<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; HA2<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; HB1<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CG1<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; CG2<br>
      &nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp; CD1<br>
      &nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp; CD2<br>
      &nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp; HD1<br>
      &nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp; CE1<br>
      &nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp; HD2<br>
      &nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp; CE2<br>
      &nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp; HE1<br>
      &nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ<br>
      &nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp; HE2<br>
      &nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl<br>
      &nbsp;&nbsp; CG2&nbsp;&nbsp; HG1<br>
      &nbsp;&nbsp; CG2&nbsp;&nbsp; HG2<br>
      &nbsp;&nbsp; CG2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<br>
      <br>
      and still i got that error!<br>
      <br>
      <span style="background-color: rgb(102, 255, 153);">Fatal error:</span><br
        style="background-color: rgb(102, 255, 153);">
      <span style="background-color: rgb(102, 255, 153);">Atom HB11 not
        found in rtp database in residue BOC, it looks a bit like HB1</span><br>
    </blockquote>
    <br>
    a) This structure is phenylalanine with *two* backbone methylene
    spacers, not the one you said in a previous email<br>
    b) Your charge groups are wrong (e.g. number 2)<br>
    c) Your charges are doubtful (CG1 is negative???)<br>
    d) Your atom types are worth checking (should the two backbone
    methylene carbons have those types?)<br>
    e) The atom ordering of the coordinate file and .rtp file need to
    match<br>
    f) The atom coordinates do not correspond to the atom labels they
    are given - presumably you got another bunch of "long bond" warnings
    that you didn't include in your last email.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTimMmmVB0PWDSTQt+725RikirotvnPxo+yP7EF3K@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      <div class="gmail_quote">On Tue, Nov 9, 2010 at 1:12 PM, Mark
        Abraham <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">
            <div class="im"> On 9/11/2010 8:19 PM, hengame fallah wrote:
              <blockquote type="cite">Thanks Justin,<br>
                actually the protein that i want to simulate consists of
                two amino acids: PHE and BOC<br>
                BOC is an unusual amino acid as you know.<br>
                It has a Cl instead of HZ in PHE and has one extra CH2
                in comparison to PHE<br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            So that probably means you'll have to pay care to the
            [bonds] section in the .rtp file. The only bonds GROMACS
            knows about are the ones in the .rtp. They have to be right.
            The errors below look like you haven't done it right.
            <div>
              <div class="h5"><br>
                <br>
                <blockquote type="cite"> I finally defined a residue BOC
                  in opls .rtp file:<br>
                  &nbsp;<br>
                  [ BOC ]<br>
                  &nbsp;[ atoms ]<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_238&nbsp;&nbsp; -0.500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_241&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_224B&nbsp; -0.005&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
                  &nbsp;&nbsp; HA1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
                  &nbsp;&nbsp; HA2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_149&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.140&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
                  &nbsp;&nbsp; HB1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
                  &nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>
                  &nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
                  &nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3<br>
                  &nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
                  &nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4<br>
                  &nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
                  &nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5<br>
                  &nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp; -0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6<br>
                  &nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_146&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.115&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6 <br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_145&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.885&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_264&nbsp;&nbsp; -1.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7<br>
                  &nbsp;&nbsp; CG2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_071&nbsp;&nbsp; -0.005&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
                  &nbsp;&nbsp; HG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
                  &nbsp;&nbsp; HG2&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_140&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_235&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>
                  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_236&nbsp;&nbsp; -0.700&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9<br>
                  <br>
                  the ending part of my PDB is:<br>
                  ...<br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; HE2 PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.946&nbsp;&nbsp; 8.455&nbsp;&nbsp; 4.409
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp; CZ&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.456&nbsp; 10.015&nbsp;&nbsp; 4.624
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; HZ&nbsp; PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.887&nbsp; 10.646&nbsp;&nbsp; 3.828
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 41&nbsp; N&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.862&nbsp;&nbsp; 5.210&nbsp;&nbsp; 5.333
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; H&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.325&nbsp;&nbsp; 4.344&nbsp;&nbsp; 5.618
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43&nbsp; CA&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.001&nbsp;&nbsp; 5.232&nbsp;&nbsp; 4.169
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44&nbsp; HA1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.540&nbsp;&nbsp; 6.235&nbsp;&nbsp; 4.026
                  <br>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
            HA2 is missing here, per your .rtp
            <div>
              <div class="h5"><br>
                <br>
                <blockquote type="cite">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 45&nbsp; CB&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
                  -1.797&nbsp;&nbsp; 4.794&nbsp;&nbsp; 2.924 <br>
                  <span style="background-color: rgb(255, 102, 102);">ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
                    46 HB1&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.244&nbsp;&nbsp; 3.809&nbsp;&nbsp; 3.204 </span><br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47&nbsp; CG1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.976&nbsp;&nbsp; 5.730&nbsp;&nbsp; 2.589
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp; CG2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.935&nbsp;&nbsp; 4.544&nbsp;&nbsp; 1.698
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 49&nbsp; CD1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.231&nbsp;&nbsp; 3.466&nbsp;&nbsp; 0.845
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; HD1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.070&nbsp;&nbsp; 2.790&nbsp;&nbsp; 1.081
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 51&nbsp; CD2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.120&nbsp;&nbsp; 5.408&nbsp;&nbsp; 1.353
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 52&nbsp; HD2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.357&nbsp;&nbsp; 6.277&nbsp;&nbsp; 1.986
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 53&nbsp; CE1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.471&nbsp;&nbsp; 3.236&nbsp; -0.312
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 54&nbsp; HE1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.717&nbsp;&nbsp; 2.381&nbsp; -0.964
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 55&nbsp; CE2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.881&nbsp;&nbsp; 5.182&nbsp;&nbsp; 0.197
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 56&nbsp; HE2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.706&nbsp;&nbsp; 5.870&nbsp; -0.054
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57&nbsp; CZ&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.591&nbsp;&nbsp; 4.093&nbsp; -0.639
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 58&nbsp; C&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.565&nbsp;&nbsp; 7.148&nbsp;&nbsp; 2.291
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 59&nbsp; O&nbsp;&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.716&nbsp;&nbsp; 8.035&nbsp;&nbsp; 3.131
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 60&nbsp; CL&nbsp; BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.525&nbsp;&nbsp; 3.816&nbsp; -2.062
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 61&nbsp; HA2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.172&nbsp;&nbsp; 4.511&nbsp;&nbsp; 4.360
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 62&nbsp; HG1 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.530&nbsp;&nbsp; 5.331&nbsp;&nbsp; 1.707
                  <br>
                  ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63&nbsp; HG2 BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.708&nbsp;&nbsp; 5.729&nbsp;&nbsp; 3.431<br>
                  <br>
                  Now i got t this error:<br>
                  ...<br>
                  There are 1 chains and 0 blocks of water and 3
                  residues with 63 atoms<br>
                  <br>
                  &nbsp; chain&nbsp; #res #atoms<br>
                  &nbsp; 1 ' '&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63&nbsp; <br>
                  <br>
                  All occupancy fields zero. This is probably not an
                  X-Ray structure<br>
                  Opening library file
                  /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.atp<br>
                  Atomtype 1<br>
                  Reading residue database... (ffoplsaa)<br>
                  Opening library file
                  /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.rtp<br>
                  Residue 57<br>
                  Sorting it all out...<br>
                  Opening library file
                  /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.hdb<br>
                  Opening library file
                  /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa-n.tdb<br>
                  Opening library file
                  /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa-c.tdb<br>
                  <br>
                  Back Off! I just backed up topol.top to
                  ./#topol.top.69#<br>
                  Processing chain 1 (63 atoms, 3 residues)<br>
                  There are 3 donors and 3 acceptors<br>
                  There are 4 hydrogen bonds<br>
                  Checking for duplicate atoms....<br>
                  Opening library file
                  /usr/share/gromacs/top/specbond.dat<br>
                  7 out of 7 lines of specbond.dat converted succesfully<br>
                  N-terminus: NH3+<br>
                  C-terminus: COO-<br>
                  Now there are 3 residues with 68 atoms<br>
                  Making bonds...<br>
                  Warning: Long Bond (52-53 = 0.334847 nm)<br>
                  Warning: Long Bond (52-55 = 0.334912 nm)<br>
                  Warning: Long Bond (63-64 = 0.271173 nm)<br>
                  Warning: Long Bond (63-65 = 0.347808 nm)<br>
                  Warning: Long Bond (63-66 = 0.31288 nm)<br>
                </blockquote>
                <br>
              </div>
            </div>
            This is telling you the connectivity in your .rtp doesn't
            match the spatial arrangement very well. Go back and check
            the .rtp file.
            <div class="im"><br>
              <br>
              <blockquote type="cite">Opening library file
                /usr/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
                <br>
                -------------------------------------------------------<br>
                Program pdb2gmx, VERSION 4.0.7<br>
                Source code file: ../../../../src/kernel/add_par.c,
                line: 233<br>
                <br>
                <span style="background-color: rgb(255, 255, 0);">Fatal
                  error:</span><br>
                Atom <span style="background-color: rgb(255, 102,
                  102);">HB11</span> not found in rtp database in
                residue BOC, it looks a bit like HB1<br>
              </blockquote>
              <br>
            </div>
            pdb2gmx is probably hopelessly confused by now. Fix the
            other issues and try again.<br>
            <font color="#888888"> <br>
              Mark</font>
            <div>
              <div class="h5"><br>
                <br>
                <blockquote type="cite">
                  -------------------------------------------------------<br>
                  ...<br>
                  <br>
                  What should i do?<br>
                  <br>
                  <br>
                </blockquote>
              </div>
            </div>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>