<div>Dear Justin</div>
<div> </div>
<div>I confused. </div>
<div>number of donors in donor.xvg file is 203.  while, when use g_hbond: found 143 donors.</div>
<div> </div>
<div>Select a group: 2<br>Selected 2: &#39;Protein_A&#39;<br>Select a group: 3<br>Selected 3: &#39;Protein_B&#39;<br>Checking for overlap in atoms between Protein_A and Protein_B<br>Calculating hydrogen bonds between Protein_A (1042 atoms) and Protein_B (825 atoms)<br>
Found 143 donors and 439 acceptors<br>Making hbmap structure...done.<br>Reading frame       0 time 19500.000   <br>Will do grid-seach on 14x14x14 grid, rcut=0.35<br>Reading frame     120 time 19980.000   <br>Found 40 different hydrogen bonds in trajectory<br>
Found 69 different atom-pairs within hydrogen bonding distance<br>Merging hbonds with Acceptor and Donor swapped<br>143/143<br>- Reduced number of hbonds from 40 to 40<br>- Reduced number of distances from 69 to 69<br>Average number of hbonds per timeframe 19.310 out of 31388.5 possible<br>
</div>
<div> </div>
<div> </div>