I <span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span style="" title="">do not have any problem. The problem is solved.<br><br>Thank you very much<br></span></span><br><div class="gmail_quote">10 Kasım 2010 22:45 tarihinde Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> yazdı:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
ahmet yıldırım wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Dear Justin,<br>
<br>
Finally, The problem is solved, Thank you very much for your patience.<br>
<br>
Ps: I set *root@ab-desktop:/home/ab/Desktop/dssp# export DSSP=/usr/local/bin/dssp* the instead of 4.step but the do_dssp dont run again.The I don&#39;t still understand why the DSSP environment variable is not run.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
I&#39;m confused.  You say the problem is solved, then you say that do_dssp is not running, but then your output below indicates that everything is fine.<br>
<br>
If there is still a problem, please list all your commands in exact order (not &quot;this instead of that&quot;).<br>
<br>
To eliminate any sort of confusion, please stop setting the DSSP environment variable if your dssp binary is in /usr/local/bin.  As I keep telling you, if this is its location, it is exactly what Gromacs expects and you do not need it whatsoever.  You only need to set DSSP if your binary is in some other location.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im">
Thanks again<br>
<br>
Final solution:<br>
1.step-root@ab-desktop:/home/ab/Desktop# tar xvzf dsspcmbi.tar.gz<br>
2.step-root@ab-desktop:/home/ab/Desktop/dssp#./DsspCompileGCC<br>
3.step-root@ab-desktop:/home/ab/Desktop/dssp# cp dsspcmbi dssp<br>
4.step-root@ab-desktop:/home/ab/Desktop/dssp# mv dssp /usr/local/bin<br>
5.step-ab@ab-desktop:~/Desktop/gromacswork$ do_dssp -s run.tpr -f run.xtc<br>
<br>
Selected 1: &#39;Protein&#39;<br>
There are 164 residues in your selected group<br>
Opening library file /usr/share/gromacs/top/ss.map<br>
Reading frame       0 time    0.000  Back Off! I just backed up ddqL3oYP to ./#ddqL3oYP.1#<br>
Last frame         50 time   10.000  <br>
100%<br>
gcq#29: &quot;No One Could Foresee the End That Came So Fast&quot; (Slayer)<br>
<br>
<br></div>
2010/11/10 Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt;<div class="im"><br>
<br>
<br>
<br>
    ahmet yıldırım wrote:<br>
<br>
<br>
        1.step-root@ab-desktop:/home/ab/Desktop# tar xvzf dsspcmbi.tar.gz<br>
        2.step-root@ab-desktop:/home/ab/Desktop/dssp#./DsspCompileGCC<br>
        3.step-root@ab-desktop:/home/ab/Desktop/dssp# cp dsspcmbi dssp<br>
        4.step-root@ab-desktop:/home/ab/Desktop/dssp# export<br>
        DSSP=/usr/local/bin/dssp<br>
<br>
        Dear Justin,<br>
        I compiled the program. you said &quot;Your environment variable is<br>
        wrong&quot;, Now is it true??<br>
<br>
<br>
    Yes, although it&#39;s still not necessary.  As I said before, if your<br>
    dssp binary is in /usr/local/bin/dssp, then that&#39;s what Gromacs<br>
    expects.  You only have to set the DSSP environment variable if<br>
    you&#39;ve got the dssp binary somewhere else.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
        Thanks for your helps<br>
<br>
        2010/11/10 Ali Naqvi &lt;<a href="mailto:mnaqvi@ryerson.ca" target="_blank">mnaqvi@ryerson.ca</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:mnaqvi@ryerson.ca" target="_blank">mnaqvi@ryerson.ca</a>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:mnaqvi@ryerson.ca" target="_blank">mnaqvi@ryerson.ca</a><div class="im"><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:mnaqvi@ryerson.ca" target="_blank">mnaqvi@ryerson.ca</a>&gt;&gt;&gt;<br>
<br>
<br>
           May be the directory you are working in is read only, as Justin<br>
           mentioned this could be a permissions issue.<br>
           As an example the super computer that I use, cannot write<br>
        anything<br>
           in the home directory, therefore all simulations and analysis are<br>
           done in scratch.<br>
<br>
           Ali<br>
<br>
           --<br>
           gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
           &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;&gt;<div class="im"><br>

<br>
           <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
           Please search the archive at<br>
           <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before<br>
        posting!<br>
           Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
           www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;<br>
           &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
<br>
           Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
        --         Ahmet YILDIRIM<br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    MILES-IGERT Trainee<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div><div></div><div class="h5"><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    --     gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at<br>
    <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
-- <br>
Ahmet YILDIRIM<br>
</div></div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Ahmet YILDIRIM<br>