<div>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 10pt"><font face="Calibri" size="3">Dear Erik and Justin</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 10pt"><font face="Calibri" size="3">Thanks for your time and attention.</font></p>
<p class="MsoNormal" style="MARGIN: 0in 0in 10pt"><font face="Calibri" size="3">My xpm file is following state: </font></p></div>
<div> </div>
<div>/* XPM */ <br>/* Generated by g_hbond */ <br>
/* This file can be converted to EPS by the GROMACS program xpm2ps */ <br>/* title: "Hydrogen Bond Existence Map" */ <br>
/* legend: "Hydrogen Bonds" */ <br>/* x-label: "Time (ps)" */ <br>
/* y-label: "Hydrogen Bond Index" */ <br>/* type: "Discrete" */ <br>
static char *gromacs_xpm[] = { <br>"126 40 4 1", <br>
" c #FFFFFF " /* "None" */, <br>"o c #FF0000 " /* "Present" */, <br>
"- c #0000FF " /* "Inserted" */, <br>"* c #FF00FF " /* "Present & Inserted" */, <br>
/* x-axis: 19500 19504 19508 19512 19516 19520 19524 19528 19532 19536 19540 19544 19548 19552 19556 19560 19564 19568 <br>/* y-axis: 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 0 */ <br>
" o o ", <br>"ooooooooooooooo ooo ooooo ooooooooooooooooooooooooooooooooooooo ooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo ooooooooooooo oooooo", <br>
"ooo ooooooo oooooooooooo oooooooooooo oooooooooooooooooooooooooooooooooo ooo oooooooooooooooooooooooooooooooooo oooooooooooooo", <br>"oooooo oo ooo oooo ooooooo oooo ooo ooooooo ooo oooooo ooo oo oooo o o oooooooo o ooooo oo oooo o oo oooooo oo oo o", <br>
" o o ", <br>"oooooo ooooooooooooooooo oooo oo oooooooo oo ooooooooooooooo ooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo", <br>
" oo oooo oo ooo o oooo oo oooooooo oooooo ooooo ooooooooooo oooo ooo oo o oo ooo ooooooooo ooooooooo oo ooo oooooooo", <br>" o oo o o o ", <br>
" o o oooo o o o o o o o o ", <br>" o o ", <br>
"oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo", <br>" o o o o o ", <br>
"oooooooo ooooooooooooooooooooo o ooooooo ooo ooooo oooooooooooooo oooooooooo o oooooooooooooooooo o oo o ooooooooo ooooo", </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>and h-bond section of .ndx file is as follows:</div>
<div> </div>
<div>[ hbonds_Protein -Ligand ] <br> 1019 1021 1640 <br> 1019 1021 1643 <br> 1019 1021 1656 <br> 1013 1014 1643 <br> 995 997 1580 <br>
992 994 1580 <br> 992 994 1581 <br> 992 994 1582 <br> 946 949 1135 <br> 915 917 1580 <br> 915 917 1581 <br>
909 910 1580 <br> 909 910 1581 <br> 867 869 1212 <br> 777 780 1517 <br> 777 780 1518 <br> 740 742 1198 <br>
723 725 1231 <br> 720 722 1231 <br> 504 506 1516 <br> 504 506 1517 <br> 501 503 1516 <br> 103 104 1166 <br>
103 104 1168 <br> 95 97 1198 <br> 92 93 1174 <br> 92 93 1196 <br> 79 80 1166 <br> 79 80 1168 <br>
63 64 1835 <br> 32 33 1752 <br> 26 29 1784 <br> 26 29 1787 <br> 1791 1793 45 <br> 1755 1757 9 <br>
1627 1629 852 <br> 1627 1629 853 <br> 1597 1599 852 <br> 1215 1217 866 <br> 1215 1217 867 </div>
<div> </div>
<div>what is your mean of reading backward .xpm? above files or ps file obtained from xpm2ps. </div>