<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    Oliver Grant skrev 2010-11-11 11.45:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTim0QVz+0=k2mhR803W1Quej=yoBcf4a17uQsN7G@mail.gmail.com"
      type="cite">Hi Carla,<br>
      <br>
      I've seen this behavior too but I didn't look at the code. I
      figured with the hydrogen included it checks the angle too or if
      the hydrogen is between the two heavy atoms. So the first pass
      just looks at distances between donor and acceptor atoms and
      doesn't consider that the hydrogen may be completely on the wrong
      side of the donor atom.<br>
      <br>
    </blockquote>
    It always looks at the angle unless you use the -contact flag.<br>
    <br>
    /Erik<br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTim0QVz+0=k2mhR803W1Quej=yoBcf4a17uQsN7G@mail.gmail.com"
      type="cite">Did you look at any of the bonds that were left out in
      the 2nd pass?<br>
      <br>
      Oliver<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On 9 November 2010 14:08, Carla Jamous <span
          dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:carlajamous@gmail.com">carlajamous@gmail.com</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">Hi everyone,<br>
          <br>
          I ran g_hbond on a trajectory. When g_hbond asks for two
          groups in the index file, I give:<br>
          group1: "Protein"<br>
          group2: "ligand"<br>
          The output .ndx file contains 44 Hbonds.<br>
          <br>
          In order to verify my result on each and every Hbond, I ran
          g_hbond on the same trajectory but this time in my index file,
          I gave atom triplets, so when g_hbond asks for two groups, I
          give for example:<br>
          group1: "a4810_a4811_a1857"<br>
          group2: "a4810_a4811_a1857"<br>
          Surprisingly, 10 of the 44 Hbonds are not found using this
          method.<br>
          <br>
          Am I doing something wrong or is there a problem with g_hbond?<br>
          <br>
          Thank you,<br>
          <font color="#888888"><br>
            Carla<br>
          </font><br>
          --<br>
          gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
            target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
          Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
          before posting!<br>
          Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
          www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
          Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
            target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
-----------------------------------------------
Erik Marklund, PhD student
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
Husargatan 3, Box 596,    75124 Uppsala, Sweden
phone:    +46 18 471 4537        fax: +46 18 511 755
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://folding.bmc.uu.se/">http://folding.bmc.uu.se/</a>
</pre>
  </body>
</html>