<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<BR>&nbsp;constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<BR>#nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -1<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off<BR>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>epsilon_rf&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>rgbradii&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0<BR>comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = angular<BR>
implicit_solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp; = GBSA<BR>gb_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = OBC<BR>gb_epsilon_solvent&nbsp; = 78.3<BR>sa_surface_tension&nbsp; = 2.25936<BR>
nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>nstcalcenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>
tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<BR>tau-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<BR>ref-t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<BR><BR>
This is the .mdf file, even I modified the nsteps, it still comes with the same error:<BR>
&nbsp;<BR>

Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.1#<BR>
&nbsp;<BR>
WARNING: OpenMM does not support leap-frog, will use velocity-verlet integrator.<BR>
&nbsp;<BR>
<BR>WARNING: OpenMM supports only Andersen thermostat with the md/md-vv/md-vv-avek integrators.<BR>
&nbsp;<BR>
<BR>WARNING: OpenMM provides contraints as a combination of SHAKE, SETTLE and CCMA. Accuracy is based on the SHAKE tolerance set by the "shake_tol" option.<BR>
&nbsp;<BR>
<BR>WARNING: The OBC scale factors alpha, beta and gamma are hardcoded in OpenMM with the default Gromacs values.<BR>
&nbsp;<BR>
<BR>Pre-simulation ~15s memtest in progress...done, no errors detected<BR>starting mdrun 'Protein'<BR>-1 steps, infinite ps.<BR><BR>
&nbsp;<BR>
the log file:<BR>
Input Parameters:<BR>&nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<BR>&nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -1<BR>&nbsp;&nbsp; init_step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Grid<BR>&nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2<BR>&nbsp;&nbsp; nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>&nbsp;&nbsp; comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Angular<BR>&nbsp;&nbsp; nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; nstcalcenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<BR>&nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR><BR>
&nbsp;<BR>
the nsteps is still -1, did I do something wrong?<BR>
&nbsp;<BR>
Thanks a lot<BR>
&nbsp;<BR>
YY<BR>

<HR id=stopSpelling>
<BR>
From: roland@utk.edu<BR>Date: Tue, 9 Nov 2010 21:34:34 -0500<BR>Subject: Re: [gmx-users] ./mdrun<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR><BR>Hi,<BR>
<DIV><BR></DIV>
<DIV>as you output says. It infinite long trajectory. Either set a number of steps (in mdp file or with tpbconf) or set a maximum time with (mdrun -maxh)</DIV>
<DIV><BR></DIV>
<DIV>Roland<BR><BR>
<DIV class=ecxgmail_quote>On Tue, Nov 9, 2010 at 9:03 PM, lin hen <SPAN dir=ltr>&lt;<A href="mailto:cuteyy83@live.com">cuteyy83@live.com</A>&gt;</SPAN> wrote:<BR>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; PADDING-LEFT: 1ex" class=ecxgmail_quote>
<DIV>Hi,<BR>&nbsp;<BR>I am using the dhfr gpu benchmark with mdrun-gpu:dhfr-solv-RF-2nm.bench.<BR>export LD_LIBRARY_PATH=/path to OPENMM lib and cuda lib/<BR>export OPENMM_PLUGIN=/path to OPENMM lib plugins/<BR>it shows:<BR>Back Off! I just backed up md.log to ./#md.log.1#<BR>Reading file topol.tpr, VERSION 4.5.1-dev-20100917-b1d66 (single precision)<BR>Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.1#<BR>WARNING: OpenMM does not support leap-frog, will use velocity-verlet integrator.<BR><BR>WARNING: OpenMM supports only Andersen thermostat with the md/md-vv/md-vv-avek integrators.<BR><BR>WARNING: OpenMM provides contraints as a combination of SHAKE, SETTLE and CCMA. Accuracy is based on the SHAKE tolerance set by the "shake_tol" option.<BR><BR>Pre-simulation ~15s memtest in progress...done, no errors detected<BR>starting mdrun 'Protein in water'<BR>-1 steps, infinite ps.<BR><BR>&nbsp;<BR>and keeps this status for at least one hour, did I miss something? or do somthing wrong?<BR>&nbsp;<BR>thanks,<BR>&nbsp;<BR>yy<BR></DIV><BR>--<BR>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target=_blank>http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</A><BR></BLOCKQUOTE></DIV><BR><BR clear=all><BR>-- <BR>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <A href="http://cmb.ornl.gov/" target=_blank>cmb.ornl.gov</A><BR>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<BR></DIV><BR>-- gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting! Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists                                               </body>
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