Dear All, <div><br></div><div>I tried using the xpm2ps -combine option to plot the two matrices in the same plot. </div><div><br></div><div>&quot;xpm2ps -f covara_cognate.xpm -f2 covara_G5C.xpm -diag none -combine halves -cmin -0.5 -cmax 0.8&quot;<br>
<br></div><div>However, I still get two legends and each of the matrices are scaled differently. That is, the output range is NOT combined, as the -combine option is supposed to do. I tried different options (add, sub, div ; with and without the -cmin and -cmax options etc)</div>
<div><br></div><div>I am sure I am missing something here. May I please know if anybody got it worked, and if so, can help me out? </div><div><br></div><div>Thanks very much, </div><div>Vignesh</div><div><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Nov 11, 2010 at 10:12 AM, Vigneshwar Ramakrishnan <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:vmsrvignesh@gmail.com">vmsrvignesh@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Thanks very much, Justin. Somehow this thread did not come up during my search. <div><br></div><div>Really appreciate your help. </div><div><br></div><div>Sincerely, </div><div>Vignesh<div><div></div><div class="h5"><br><br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Nov 10, 2010 at 10:23 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
There are two relevant threads on this same topic that will likely provide some insight (particularly the second):<br>
<br>
<a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-November/046846.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-November/046846.html</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-November/046854.html" target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2009-November/046854.html</a><br>
<br>
-Justin<div><div></div><div><br>
<br>
Vigneshwar Ramakrishnan wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear All, <br>
I am trying to study the effect of single-point mutations on correlated motions in a protein-DNA system. I am able to calculate the atomic covariance matrix using the g_covar -xpma option. However, when I try to compare the covariance matrices for the two systems (to study the effect of the mutation), I find that the output is not scaled identically. That is, in one of the systems the atomic covariance varies between -0.04 and +0.5 whereas in the other it varies between -0.1 and +0.4. Now, this means that I cannot compare the two systems immediately from the eps file output (obtained after xpm2ps). <br>


Could anybody please tell me if there is a way to plot the output on identical scales (say, -1 to +1, or any other scale) using GROMACS? <br>
The other way, I understand is to use the ascii output of g_covar and use the values to create the covariance plot using softwares like MATLAB which can rescale the image colors. However, for this, one needs to calculate the atomic covariance from the ascii output (which is x1x1,x1y1,x1z1 etc). From the manual, I understand that the way to calculate atomic covariance is &quot;for each atom pair the sum of the xx, yy and zz covariances&quot;. Am I right if I understand that this means: <br>


atomic cov (X1) = x1x1 + y1y1 + z1z1 atomic cov (X2) = x2x2 + y2y2 + z2z2 ... <br>
I greatly appreciate any help or pointers. <br>
Thanks very much, Sincerely, Vignesh<br>
<br>
<br>
-- <br>
R.Vigneshwar<br>
Graduate Student,<br>
Dept. of Chemical &amp; Biomolecular Engg,<br>
National University of Singapore,<br>
Singapore<br>
<br>
&quot;Strive for Excellence, Never be satisfied with the second Best!!&quot;<br>
<br>
I arise in the morning torn between a desire to improve the world and a desire to enjoy the world. This makes it hard to plan the day. (E.B. White)<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>R.Vigneshwar<br>Graduate Student,<br>Dept. of Chemical &amp; Biomolecular Engg,<br>National University of Singapore,<br>Singapore<br><br>&quot;Strive for Excellence, Never be satisfied with the second Best!!&quot;<br>

<br>I arise in the morning torn between a desire to improve the world and a desire to enjoy the world. This makes it hard to plan the day. (E.B. White)<br>
</div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>R.Vigneshwar<br>Graduate Student,<br>Dept. of Chemical &amp; Biomolecular Engg,<br>National University of Singapore,<br>Singapore<br><br>&quot;Strive for Excellence, Never be satisfied with the second Best!!&quot;<br>
<br>I arise in the morning torn between a desire to improve the world and a desire to enjoy the world. This makes it hard to plan the day. (E.B. White)<br>
</div>