Hi,<br>I would like to ask questions about what we can do with Gromacs.<br>3. For example I have some different molecules and I would like to see
their binding affinity to carbon nanotubes. Is it possible to do this simulation with Gromacs? If possible, I should have attractive and repulsive potentials. Which potential(s) in Gromacs should I use for this purpose?  <br>
2. Is it possible to simulate folding mechanism of a protein in closed geometry? closed geometry maybe in cylindrical or cubic shape.  <br>3. Can we check if a protein adhesed or not a to a surface? surface consists of atoms.<br>
<br><br>Best wishes <br>Mustafa Bilsel<br>