<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear All,<br><br>I'm simulating a DNA duplex using amber99p. starting the simulation(step 0) i face an error which tells:<br><br><div style="margin-left: 40px;">starting mdrun 'Protein in water'<br></div><div style="margin-left: 40px;">500000 steps,&nbsp;&nbsp;&nbsp; 500.0 ps.<br>step 0Warning: 1-4 interaction between 136 and 179 at distance 96871502.536 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm<br>These are ignored for the rest of the simulation<br>This usually means your system is exploding,<br>if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>or with user tables increase the table size<br>Segmentation fault<br></div><br>I've checked the distance between atoms 136 and 179, its quite normal, about 3 angstrom (not 96871502 !!). <br>Im also attaching the output (md.log) which may help finding a reason:<br><br><div style="margin-left:
 40px;">Started mdrun on node 0 Sun Nov 14 10:17:10 2010<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br><br>Grid: 9 x 9 x 9 cells<br>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih. Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.77478e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.08613e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.86464e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.58123e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.34721e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ
 (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<br>&nbsp;&nbsp; -1.03292e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.16184e+04&nbsp;&nbsp; -3.45397e+05&nbsp;&nbsp; -3.54920e+04&nbsp;&nbsp; -3.46412e+05<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.24527e+01&nbsp;&nbsp; -3.46359e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.90932e-01&nbsp;&nbsp; -6.00103e+03<br><br></div>Maybe its necessary to say that, I'm coupling my system with both thermostat and barostat, using a reasonable temperature of 300K.<br><br>Thanks in advance for any instruction,<br>Amin<br></td></tr></table><br>