<div>Running the simulation in NVT doesn&#39;t seem to work too.</div>
<div> </div>
<div><span lang="EN-AU">And (other than the system not blowing up now) similar to the NPT simulations, both 2CosZ*Vel-X and 1/Viscosity that I&#39;ve got out of the test runs were 0.</span></div>
<div><span lang="EN-AU"></span> </div>
<div>On Sat, Nov 13, 2010 at 11:17 PM, Junqiao Lee <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:aeondrift@gmail.com">aeondrift@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br></div>
<div class="gmail_quote">
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>I&#39;ve tried running an NEMD run in NPT vis setting the &quot;<span lang="EN-AU">cos_acceleration = 0.3&quot; parameter to determine the solvent viscosity.</span></div>
<div><span lang="EN-AU">However my system kept spectacularly exploding.</span></div>
<div><span lang="EN-AU"></span> </div>
<div><span lang="EN-AU">I&#39;ve also tried running with the acc_grps specified for 7 molecules (out of the 250 within the system), but it still didn&#39;t work.</span></div>
<div><span lang="EN-AU"></span> </div>
<div><span lang="EN-AU">cos_acceleration = ~0.3 nm ps^-2 seem like a reasonable value to use?</span></div>
<div><span lang="EN-AU"><br>Am I only restricted to running NEMD calcs. in NVT?</span></div>
<div><span lang="EN-AU"></span> </div>
<div><span lang="EN-AU">Thanks for the help.</span></div>
<div><span lang="EN-AU"></span> </div>
<div><span lang="EN-AU">Cheers,</span></div>
<div><span lang="EN-AU">Junqiao LEE (Wade)</span></div><font color="#888888">
<div><span lang="EN-AU">Curtin University<br>Dept. of Chem. [NRI]</span></div></font></blockquote></div><br>