<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    On 13/11/2010 12:49 AM, Martin Kamp Jensen wrote:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=UFBMio7OaBOp0hbqpHJjhxuO3o_AV+gXKcRH3@mail.gmail.com"
      type="cite"><span class="Apple-style-span" style="font-family:
        arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;">Hi,
        <div><br>
        </div>
        <div>As far as I understand, a topology (a .top file) and a
          conformation (e.g., a .gro file) contain enough information to
          calculate the torsion angles of that specific conformation.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Table 5.5 (page 124) in the GROMACS manual[1] describes
          possible interactions (which are contained in the
          topology) between different molecules while the conformation
          contains the cartesian coordinates. I did not immediately find
          a way to convert between the cartesian coordinates and the
          torsion angles. Can GROMACS do it or do I need to understand
          (or just find) all the functions/formulas that are referenced
          in Table 5.5?</div>
      </span></blockquote>
    <br>
    Section 4.2 has the relevant definitions. Table 5.5 pertains to the
    definition of force field elements that act upon (for example) such
    internal coordinates, which is not what you're looking for.<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=UFBMio7OaBOp0hbqpHJjhxuO3o_AV+gXKcRH3@mail.gmail.com"
      type="cite"><span class="Apple-style-span" style="font-family:
        arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;">
        <div><br>
        </div>
        <div>I have included screenshots of Table 5.5[2] and the
          relevant part of some example .top file[3].</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>(Also, it seems that I can use the read_tpx method defined
          in include/tpxio.h to read in a topology from a .tpr file.
          This would then, after converting the cartesian coordinates of
          some conformation, enable me to work with the torsion angles
          in my own program before writing cartesian coordinates back
          for use with GROMACS.)</div>
      </span></blockquote>
    <br>
    Either <br>
    <br>
    a) write something that post-processes the result of grompp -pp in
    concert with the same coordinate file to get the internal
    coordinates, or <br>
    <br>
    b) use a hacked version of mdrun that writes internal coordinates
    from within src/gmxlib/bondfree.c (probably used as mdrun -rerun) <br>
    <br>
    to create input for your procedure.<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTi=UFBMio7OaBOp0hbqpHJjhxuO3o_AV+gXKcRH3@mail.gmail.com"
      type="cite"><span class="Apple-style-span" style="font-family:
        arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;">
        <div><br>
        </div>
        <div>Regards,</div>
        <div>Martin.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>[1] <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.gromacs.org/@api/deki/files/126/=gromacs_manual-4.5.pdf"
            target="_blank" style="color: rgb(0, 0, 204);">http://www.gromacs.org/@api/deki/files/126/=gromacs_manual-4.5.pdf</a></div>
        <div>[2] <a moz-do-not-send="true"
href="http://imada.sdu.dk/%7Emkjens04/gromacs/intra-molecular_interactions_definitions.png">http://imada.sdu.dk/~mkjens04/gromacs/intra-molecular_interactions_definitions.png</a></div>
        <div>[3] <span class="Apple-style-span" style="border-collapse:
            separate; font-family: arial; font-size: small;"><a
              moz-do-not-send="true"
              href="http://imada.sdu.dk/%7Emkjens04/gromacs/part_of_top_file.png">http://imada.sdu.dk/~mkjens04/gromacs/part_of_top_file.png</a></span></div>
      </span>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>