
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">

    On 14/11/2010 8:13 PM, hengame fallah wrote:

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTinRJJAbHmoOaV-+cyRz94czS_EfKaa8DvjjtF-P@mail.gmail.com"

      type="cite"><br>

      <br>

      I read about .hdb file and then i editted my .hdb file:<br>

      <br>

      ...<br>

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">BOC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span

          style="background-color: rgb(204, 204, 255);"> 9&nbsp;</span>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

      </span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);">

    </blockquote>

    <br>

    Then you'll know from your reading what this number should be :-)

    It's the number of types of hydrogen atoms that might be added. For

    each of them, there's one line below. You needed to have left this

    on 8. Because you've changed it to 9, pdb2gmx tries to make sense of

    a ninth line, which is "CYS2 3" and gives you the error you saw.<br>

    <br>

    Mark<br>

    <br>

    <blockquote

      cite="mid:AANLkTinRJJAbHmoOaV-+cyRz94czS_EfKaa8DvjjtF-P@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp;

        &nbsp; &nbsp; &nbsp; N&nbsp; &nbsp; &nbsp; -C&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA</span><br style="background-color:

        rgb(255, 204, 204);">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;

        &nbsp; &nbsp; CA&nbsp; &nbsp; &nbsp; N&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span><br style="background-color:

        rgb(255, 204, 204);">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);"><span

          style="background-color: rgb(204, 204, 255);">1</span>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        HB&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; &nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG2</span><br

        style="background-color: rgb(255, 204, 204);">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE1</span><br style="background-color:

        rgb(255, 204, 204);">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE2</span><br style="background-color:

        rgb(255, 204, 204);">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ</span><br style="background-color:

        rgb(255, 204, 204);">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

        HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ</span><br style="background-color:

        rgb(255, 204, 204);">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; HG&nbsp;

        &nbsp;&nbsp; CG2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp; &nbsp; &nbsp; C </span><br>

      CYS2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; CA<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB<br>

      2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; SG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<br>

      ...<br>

      PHE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; CA<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; CA &nbsp; &nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB<br>

      2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; HB&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; CB&nbsp; &nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE1<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE2<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ<br>

      1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; HZ&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; CE1&nbsp;&nbsp;&nbsp; CE2<br>

      ...<br>

      <br>

      but i got this error:<br>

      <br>

      ...<br>

      There are 1 chains and 0 blocks of water and 3 residues with 63

      atoms<br>

      <br>

      &nbsp; chain&nbsp; #res #atoms<br>

      &nbsp; 1 ' '&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63&nbsp; <br>

      <br>

      All occupancy fields zero. This is probably not an X-Ray structure<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.atp<br>

      Atomtype 1<br>

      Reading residue database... (ffoplsaa)<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.rtp<br>

      Residue 57<br>

      Sorting it all out...<br>

      Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.hdb<br>

      <br>

      -------------------------------------------------------<br>

      Program pdb2gmx, VERSION 4.0.7<br>

      Source code file: ../../../../src/kernel/h_db.c, line: 87<br>

      <br>

      Fatal error:<br>

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 255);">wrong format

        in input file ffoplsaa.hdb on line</span><br

        style="background-color: rgb(255, 204, 255);">

      <span style="background-color: rgb(255, 204, 255);">CYS2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; </span><br>

    </blockquote>

    <br>

  </body>

</html>