Dear gromacs users<br><br>I was trying to count waters involved in the interface between Protein_A and Protein_B.<br><br>I made a selection.dat file as follows:<br><br>waterO = group SOL and name OW;<br>heavy1 = group Protein_A and group &quot;Protein-H&quot;;<br>
heavy2 = group Protein_B and group &quot;Protein-H&quot;;<br>inter = waterO and within 0.35 of heavy1 and within 0.35 of heavy2;<br clear="all"><br>is my selection.dat file true?<br>I used g_select -f .xtc -s .tpr -n .ndx -os -oc -oi -om -on -sf selection.dat but gromacs:<br>
Nothing selected, finishing up.<br><br>when I used g_select -f .xtc -s .tpr -n .ndx -os -oc -oi -om -on -sf selection.dat -select, what should be put in front of -select to avoid Nothing selected, finishing up?<br>
<br><br>