<br><br>I read about .hdb file and then i editted my .hdb file:<br><br>...<br><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">BOC    <span style="background-color: rgb(204, 204, 255);"> 9 </span>      </span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1    1    H         N      -C        CA</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">2    6    HA      CA      N       CB    </span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 204);"><span style="background-color: rgb(204, 204, 255);">1</span>    5    HB      CB     CA      CG1    CG2</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1    1    HD1    CD1    CG1    CE1</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1    1    HD2    CD2    CG1    CE2</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1    1    HE1    CE1    CD1    CZ</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">1    1    HE2    CE2    CD2    CZ</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 204);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">2    6    HG     CG2    CB      C </span><br>
CYS2    3       <br>1    1    H       N    -C       CA<br>1    5    HA    CA    N       C    CB<br>2    6    HB    CB    SG    CA<br>...<br>PHE     8       <br>1    1    H         N      -C       CA<br>1    5    HA      CA     N       C    CB<br>
2    6    HB      CB     CG    CA<br>1    1    HD1    CD1    CG    CE1<br>1    1    HD2    CD2    CG    CE2<br>1    1    HE1    CE1    CD1    CZ<br>1    1    HE2    CE2    CD2    CZ<br>1    1    HZ      CZ      CE1    CE2<br>
...<br><br>but i got this error:<br><br>...<br>There are 1 chains and 0 blocks of water and 3 residues with 63 atoms<br><br>  chain  #res #atoms<br>  1 &#39; &#39;     3     63  <br><br>All occupancy fields zero. This is probably not an X-Ray structure<br>
Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.atp<br>Atomtype 1<br>Reading residue database... (ffoplsaa)<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.rtp<br>Residue 57<br>Sorting it all out...<br>Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.hdb<br>
<br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 4.0.7<br>Source code file: ../../../../src/kernel/h_db.c, line: 87<br><br>Fatal error:<br><span style="background-color: rgb(255, 204, 255);">wrong format in input file ffoplsaa.hdb on line</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 255);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 255);">CYS2    3  </span><br>