<HTML><HEAD></HEAD>
<BODY dir=ltr>
<DIV dir=ltr>
<DIV style="FONT-FAMILY: 'Calibri'; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 12pt">
<DIV>¿Did you change also the name of the “residue” (from 1MeOH to 1CH3OH (that 
is the “residue” name appearing in the RTP file))?</DIV>
<DIV>Best regards</DIV>
<DIV>Lucio</DIV>
<DIV 
style="FONT-STYLE: normal; DISPLAY: inline; FONT-FAMILY: 'Calibri'; COLOR: #000000; FONT-SIZE: small; FONT-WEIGHT: normal; TEXT-DECORATION: none">
<DIV style="FONT: 10pt tahoma">
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV style="BACKGROUND: #f5f5f5">
<DIV style="font-color: black"><B>From:</B> <A title=mina.madah@yahoo.com 
href="mailto:mina.madah@yahoo.com">Mina Madah</A> </DIV>
<DIV><B>Sent:</B> Tuesday, November 16, 2010 6:00 AM</DIV>
<DIV><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A> </DIV>
<DIV><B>Subject:</B> [gmx-users] Atomtype CMET not found</DIV></DIV></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV 
style="FONT-STYLE: normal; DISPLAY: inline; FONT-FAMILY: 'Calibri'; COLOR: #000000; FONT-SIZE: small; FONT-WEIGHT: normal; TEXT-DECORATION: none">
<TABLE style="COLOR: #000000" border=0 cellSpacing=0 cellPadding=0>
  <TBODY>
  <TR>
    <TD vAlign=top>Dear all<BR><BR>I am using gromacs 4.5.1. I am running 
      gromacs examples (methanol). when I use grompp -v, I encounter a fatal 
      error: Atomtype CMET not found. I understand gromacs use ffG43a1. In rtp 
      file of this forcefield there is: <BR><BR>[ CH3OH ]<BR>[ atoms 
      ]<BR>Omet&nbsp; OMet&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.57400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
      0<BR>HMet&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
      H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
      0.39800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>CMet&nbsp; 
      CMet&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.17600&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR><BR>and 
      in atp file of this forcefield there is:<BR><BR>CMet&nbsp; 
      15.035&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3-group in methanol 
      (solvent)<BR><BR>conf.gro for methanol is as 
      follows:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MeOH&nbsp;&nbsp; Me1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
      1&nbsp;&nbsp; 1.090&nbsp;&nbsp; 1.374&nbsp;&nbsp; 0.894 -0.2255&nbsp; 
      0.0272 -0.0476<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
      O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1.205&nbsp;&nbsp; 1.439&nbsp;&nbsp; 
      0.863&nbsp; 0.3805 -0.9040&nbsp; 0.2153<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
      1MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 
      1.174&nbsp;&nbsp; 1.533&nbsp;&nbsp; 0.851&nbsp; 0.7376 -0.5702&nbsp; 
      1.7130<BR><BR>I changed above conf.gro file as that be consistent with atp 
      and rtp file.<BR><BR>but when I use grommp -v again with new gro file: 
      <BR><BR>fatal error:<BR>Atomtype CMET not found<BR><BR>is my manner 
      true?<BR>any help will highly appreciated about this 
    problem.<BR><BR><BR></TD></TR></TBODY></TABLE><BR>
<P>
<HR>
-- <BR>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
gmx-users@gromacs.org<BR>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please 
search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before 
posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
<BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? 
Read 
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</DIV></DIV></DIV></BODY></HTML>