Thank you very much, Mark!<br>Now i have errors from my .top file after grompp command.<br>The question is that why in pdb2gmx, editconf ,genbox and make_ndx steps i don&#39;t see these errors:<br><br><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">...</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">processing topology...</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaa.itp</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaanb.itp</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Opening library file /usr/share/gromacs/top/ffoplsaabon.itp</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Generated 332520 of the 332520 non-bonded parameter combinations</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Generated 332520 of the 332520 1-4 parameter combinations</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">ERROR 1 [file topol.top, line 412]:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  No default Angle types</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">ERROR 2 [file topol.top, line 567]:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  No default Ryckaert-Bell. types</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">ERROR 3 [file topol.top, line 570]:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  No default Ryckaert-Bell. types</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">ERROR 4 [file topol.top, line 573]:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  No default Ryckaert-Bell. types</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">ERROR 5 [file topol.top, line 580]:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  No default Ryckaert-Bell. types</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">ERROR 6 [file topol.top, line 581]:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  No default Ryckaert-Bell. types</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">ERROR 7 [file topol.top, line 582]:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  No default Ryckaert-Bell. types</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Opening library file /usr/share/gromacs/top/spc.itp</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Opening library file /usr/share/gromacs/top/ions.itp</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Excluding 3 bonded neighbours molecule type &#39;Protein&#39;</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Excluding 2 bonded neighbours molecule type &#39;SOL&#39;</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">NOTE 1 [file topol.top, line 664]:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  System has non-zero total charge: 6.000000e-02</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">  </span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">processing coordinates...</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">double-checking input for internal consistency...</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">renumbering atomtypes...</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">converting bonded parameters...</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">There was 1 note</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">-------------------------------------------------------</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Program grompp, VERSION 4.0.7</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Source code file: ../../../../src/kernel/grompp.c, line: 986</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);"><span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">Fatal error:</span><br style="background-color: rgb(255, 204, 153);">
<span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">There were 7 errors in input file(s)</span><br><br><b>topol.top:</b><br>...<br>    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">43</span>   opls_238      3    BOC      <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">N</span>       17       -0.5    14.0067   ; qtot 0.5<br>
    44   opls_241      3    BOC      H       17        0.3      1.008   ; qtot 0.8<br>    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">45</span>   opls_283      3    BOC     <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">CA</span>      17       0.04     12.011   ; qtot 0.84<br>
    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">46</span>   opls_140      3    BOC    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">HA1</span>     17       0.06      1.008   ; qtot 0.9<br>    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">47</span>   opls_140      3    BOC   <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);"> HA2</span>     17       0.06      1.008   ; qtot 0.96<br>
    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">48</span>   opls_149      3    BOC     <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">CB</span>     18      0.055     12.011   ; qtot 1.015<br>    49   opls_140      3    BOC     HB     18       0.06      1.008   ; qtot 1.075<br>
    50   opls_145      3    BOC    CG1     18     -0.115     12.011   ; qtot 0.96<br>    51   opls_145      3    BOC    CD1     19     -0.115     12.011   ; qtot 0.845<br>    52   opls_146      3    BOC    HD1     19      0.115      1.008   ; qtot 0.96<br>
    53   opls_145      3    BOC    CD2     20     -0.115     12.011   ; qtot 0.845<br>    54   opls_146      3    BOC    HD2     20      0.115      1.008   ; qtot 0.96<br>    55   opls_145      3    BOC    CE1     21     -0.115     12.011   ; qtot 0.845<br>
    56   opls_146      3    BOC    HE1     21      0.115      1.008   ; qtot 0.96<br>    57   opls_145      3    BOC    CE2     22     -0.115     12.011   ; qtot 0.845<br>    58   opls_146      3    BOC    HE2     22      0.115      1.008   ; qtot 0.96<br>
    59   opls_145      3    BOC     CZ      23          1     12.011   ; qtot 1.96<br>    60   opls_264      3    BOC     Cl        23         -1     35.453   ; qtot 0.96<br>    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">61</span>  opls_224B     3    BOC    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">CG2</span>     24      -0.12     12.011   ; qtot 0.84<br>
    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">62</span>   opls_140      3    BOC    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">HG1</span>     24       0.06      1.008   ; qtot 0.9<br>    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">63</span>   opls_140      3    BOC    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">HG2</span>     24       0.06      1.008   ; qtot 0.96<br>
    <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);">64</span>   opls_271      3    BOC     <span style="background-color: rgb(255, 204, 153);"> C</span>       25        0.7     12.011   ; qtot 1.66<br>    65   opls_272      3    BOC     O1     25       -0.8    15.9994   ; qtot 0.86<br>
    66   opls_272      3    BOC     O2     25       -0.8    15.9994   ; qtot 0.06<br>...<br>[ angles ]<br>...<br><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">line 412</span>: 45    48    61     1<br>...<br>[ dihedrals ]<br>
...<br><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">line 567</span>: 43    45    48    61     3 <br>...<br><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">line 570</span>: 46    45    48    61     3 <br>...<br>
<span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">line 573</span>: 47    45    48    61     3 <br>...<br><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">line 580</span>: 45    48    61    62     3 <br><span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">line 581</span>: 45    48    61    63     3 <br>
<span style="background-color: rgb(255, 204, 204);">line 582</span>: 45    48    61    64     3 <br>...<br><br>it seems that &quot;45   48    61&quot; is the problem. CA    CB    CG2  <br>Where i should define angle type for it?<br>
<br><br>