<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear all<br><br>I am using gromacs 4.5.1. I am running gromacs examples
(methanol). when I use grompp -v, I encounter a fatal error: Atomtype
CMET not found. I understand gromacs use ffG43a1. In rtp file of this
forcefield there is: <br>
<br>
[ CH3OH ]<br>
&nbsp;[ atoms ]<br>
&nbsp;Omet&nbsp; OMet&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.57400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
&nbsp;HMet&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.39800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
&nbsp;CMet&nbsp; CMet&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.17600&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>
<br>
and in atp file of this forcefield there is:<br>
<br>
CMet&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp; ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CH3-group in methanol (solvent)<br>
<br>
conf.gro for methanol is as follows:<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MeOH&nbsp;&nbsp; Me1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 1.090&nbsp;&nbsp; 1.374&nbsp;&nbsp; 0.894 -0.2255&nbsp; 0.0272 -0.0476<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; O2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 1.205&nbsp;&nbsp; 1.439&nbsp;&nbsp; 0.863&nbsp; 0.3805 -0.9040&nbsp; 0.2153<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1MeOH&nbsp;&nbsp;&nbsp; H3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 1.174&nbsp;&nbsp; 1.533&nbsp;&nbsp; 0.851&nbsp; 0.7376 -0.5702&nbsp; 1.7130<br>
<br>
I changed above conf.gro file as that be consistent with atp and rtp file.<br>
<br>
but when I use grommp -v again with new gro file: <br>
<br>
fatal error:<br>
Atomtype CMET not found<br>
<br>
is my manner true?<br>
any help will highly appreciated about this problem.<br>
<br>
<br>
</td></tr></table><br>