<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br>&gt; The error would imply that the box you have set up is &lt; 2.0 nm, given the <br>&gt; cutoffs here.  How did you define the box (editconf command)?  What is your box <br>&gt; size (last line of the .gro file or in the header of a .pdb)?<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br><br>okey.. I got it under control. The problem was.<br><br>1. created a good box widths.. went upto 30nm with editconf and box vector<br>2. (Made a mistake while adding ions with genion): <b>saved the file as pdb instead of gro!!</b><br>3. was trying grompp with the pdb file (So I have no idea what grommp found different in a file with/witout ions)<br><br>Thanks for hinting on the last line of gro. (still I think it is probably a bug or feature)<br><br><br>                                               </body>
</html>