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<body class='hmmessage'>
<br>&nbsp;Thanks Justin. <br>Here is the quoted error:<br><hr size="2" width="100%"><br><i>processing topology...<br>Generated 2211 of the 2211 non-bonded parameter combinations<br>Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br>Generated 2211 of the 2211 1-4 parameter combinations<br>Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_chain_A'<br>Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'<br>Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'CL'<br>processing coordinates...<br>double-checking input for internal consistency...<br><br>ERROR 1 [file protein.top, line 9279]:<br>&nbsp; ERROR: One of the box lengths is smaller than twice the cut-off length.<br>&nbsp; Increase the box size or decrease rlist.<br><br><br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 4.5.3<br>Source code file: grompp.c, line: 1104<br><br>Fatal error:<br>There was 1 error in input file(s)<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br>-------------------------------------------------------<br><br>"Three Little Fonzies" (Pulp Fiction)</i><br><hr size="2" width="100%">and the mdp<br><hr size="2" width="100%"><i>; Lines starting with ';' ARE COMMENTS<br>; Everything following ';' is also comment<br><br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Energy Minimization&nbsp;&nbsp; ; Title of run<br><br>; The following line tell the program the standard locations where to find certain files<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /usr/bin/cpp&nbsp; ; Preprocessor<br><br>; Define can be used to control processes<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DFLEXIBLE<br><br>; Parameters describing what to do, when to stop and what to save<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Algorithm (steep = steepest descent minimization)<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Stop minimization when the maximum force &lt; 1.0 kJ/mol<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Maximum number of (minimization) steps to perform<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Write energies to disk every nstenergy steps<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = System&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Which energy group(s) to write to disk<br><br>; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = simple&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Method to determine neighbor list (simple, grid)<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp; ; Treatment of long range electrostatic interactions<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; long range electrostatic cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; long range Van der Waals cut-off<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = none&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Bond types to replace by constraints<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Periodic Boundary Conditions (yes/no)</i><br><hr size="2" width="100%">Hope you can locate my error here!!<br><br><br><br>&gt; Date: Wed, 17 Nov 2010 13:09:32 -0500<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Error on Box Length when adding ions        (gromacs        4.5.3/Charmm27/Tip3p)<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; X Rules wrote:<br>&gt; &gt; I am having problems with grompp with my system.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I am using Gromacs 4.5.3<br>&gt; &gt; FF  = Charmm27 beta<br>&gt; &gt; WT = TIP3P (recommended and its claimed its not too different than <br>&gt; &gt; Charmms TIP3P)<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; during minimization with pbc, I get the error about box length being <br>&gt; &gt; small if I add neutralizing ions (I do not get this error in just <br>&gt; &gt; water+protein system).<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; Providing your actual sequence of commands, .mdp file(s), and the actual <br>&gt; (quoted) error message is the only way to diagnose what's going on.<br>&gt; <br>&gt; &gt; Also I have tried increasing my box length upto a cube of 40 Angstroms <br>&gt; &gt; and still get the error ( I have a tiny 50 residue protein).<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; IS IT A BUG or I am doing something wrong.<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; You're probably doing something wrong, but it's impossible to say what.  Please <br>&gt; provide more detail.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I can add more information if needed.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Thanks,<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>                                               </body>
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