<br><br>----- Original Message -----<br>From: Fabio Affinito &lt;f.affinito@cineca.it&gt;<br>Date: Wednesday, November 17, 2010 1:58<br>Subject: [gmx-users] problem linking fftw2 with gromacs 4.5.3<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hi folks,<br>&gt; I'm experiencing some problem when I try to compile gromacs 4.5.3<br>&gt; linking fftw.<br>&gt; This is the configure:<br>&gt; &gt; ./configure --prefix=/bgp/userinternal/cin0644a/gromacs.453 \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --host=ppc --build=ppc64 --enable-ppc-sqrt=1 \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --disable-ppc-altivec \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --enable-bluegene --enable-mpi --with-fft=fftw2 \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --program-suffix=_mpi_bg_dp \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --without-x \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CC=mpixlc_r \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; MPICC=mpixlc_r CXX=mpixlC_r \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CXXFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CPPFLAGS="-I/bgp/userinternal/cin0644a/fftw2/include" \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F77=mpixlf77_r FFLAGS="-O3 -qarch=auto -qtune=auto" \<br>&gt; &gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LDFLAGS="-L/bgp/userinternal/cin0644a/fftw2/lib" <br>&gt; <br>&gt; This is the error during the make<br>&gt; &gt; mkdir .libs<br>&gt; &gt; libtool: link: cannot find the library `../mdlib/libmd_mpi.la' <br>&gt; or unhandled argument `../mdlib/libmd_mpi.la'<br>&gt; &gt; make[1]: *** [libgmxpreprocess_mpi.la] Error 1<br>&gt; &gt; make[1]: Leaving directory `/bgp/userinternal/cin0644a/gromacs-<br>&gt; 4.5.3/src/kernel'<br>&gt; The directory /lib:<br>&gt; <br>&gt; &gt; libfftw.a&nbsp;&nbsp; libfftw_threads.a&nbsp;&nbsp; <br>&gt; librfftw.a&nbsp;&nbsp; librfftw_threads.a<br>&gt; &gt; libfftw.la&nbsp; libfftw_threads.la&nbsp; librfftw.la&nbsp; <br>&gt; librfftw_threads.la<br>&gt; The directory /include:<br>&gt; <br>&gt; &gt; fftw.h&nbsp; fftw_threads.h&nbsp; rfftw.h&nbsp; rfftw_threads.h<br>&gt; <br>&gt; Do you have any hint?<br><br>I'd be looking for errors higher up in the output, where mdlib/libmd_mpi.la got (not) made.<br><br>Mark<br><br>&gt; <br>&gt; Thanks in advance,<br>&gt; <br>&gt; Fabio<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; *********************************************<br>&gt; Fabio Affinito, PhD<br>&gt; CINECA<br>&gt; SuperComputing Applications and Innovation Department - SCAI<br>&gt; Via Magnanelli, 6/3<br>&gt; 40033 Casalecchio di Reno (Bologna) ITALY<br>&gt; +39/051/6171794 (Phone)<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists