<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Hi!<div><br></div><div>Currently it is not possible to use GBSW in Gromacs.</div><div>As you noted, there are three GB-models available (Still,HCT,OBC),</div><div>that can be run using plain cutoffs (or no cutoffs at all, using the optimized all-vs-all kernels).</div><div><br></div><div>Currently there is unfortunately no work being done to extend the range of implicit solvent models available.</div><div>However, we have had some promising results with the combination of CHARMM FF + CMAP + OBC, as discussed in the 2010 JCTC paper.</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>/Per</div><div><br></div><div><br><div><div>18 nov 2010 kl. 22.49 skrev César Ávila:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Dear all, <br>I would like to know if anyone has experience on running simulations using the Charmm FF and implicit solvent model on gromacs. I have found that gromacs has three implementations for GB models<br><ul><li>Still</li>

<li style="">Hawkins-Cramer-Truhlar (HCT)</li><li>Onufriev-Bashford-Case (OBC)</li></ul>The charmm FF has been extensively tested with the GBSW* implementation (in Charmm program) for which the backbone phi/psi cross-term (CMAP) and the atomic input radii were specifically optimized (Chan, Im and Brooks, JACS, 2006). <br>

<br>Is there a way to perform the same calculation on gromacs?<br><br>* W. Im, M.S. Lee, and C.L. Brooks III&nbsp;        "Generalized Born Model with a Simple Smoothing Function."        J. Comput. Chem. 24:1691-1702 (2003). <br>

-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</blockquote></div><br></div></body></html>