Hi,<div><br></div><div>Define an itp file which has the non-bonded info. Then define a mdp (md parameter file) and also make a structure file (gro). Also you need a topology file (top) which corresponds to the structure file.</div>
<div><br></div><div>You will have to do some background work. Manual should be your friend.</div><div><br></div><div>amit<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 20, 2010 at 11:32 PM, leila separdar <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:separdar.leila@gmail.com">separdar.leila@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div>I am beginner with gromacs. I would like to simulate the behavior of glassy materials starting with simple Lennard Jones liquid.</div>

<div>please advise me as to how to begin.</div>
<div>a relevent flowchart or tutorial would be of immerse help</div>
<div>thank you very much indeed.</div>
<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br></div>