<br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Nov 20, 2010 at 12:54 AM, Sunita Patel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sunita@mailhost.tifr.res.in">sunita@mailhost.tifr.res.in</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Dear Users,<br>
<br>
I calculated RMSD for a trajectory with same reference structure using GROMACS<br>
and VMD. I observed completely difference plots for the same data. Please see<br>
the attached file.<br>
<br>
What could be the cause for this disparity?<br></blockquote><div><br></div><div>it is hard to predict what is causing the disparity without what you typed in the terminal, and your system. Perhaps check if you&#39;ve removed the periodic boundary conditions when calculating the rmsd in gmx by invoking -nopbc option.</div>
<div><br></div><div>Greg</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
Thanks for any suggestion.<br>
<font color="#888888">Sunita<br>
<br>
</font><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br>